Search for sequences
et Protein
databank
. Ensuite, choisissez la banque UniprotKB/SwissProt
dans
la liste déroulante. Pour composer votre requête, utilisez les
critères suivants :
DEFAULT Keyword insulin AND Species or taxon homo sapiensCliquez ensuite sur le lien permettant de récupérer l'entrée SWISS-PROT correspondante (
INS_HUMAN
). Dans les
annotations SWISS-PROT, localisez la table des features et notez les
positions des chaînes A et B ainsi que du peptide C.
Une fois la page de résultat chargée, cliquez sur
le bouton Retrieve
. Le formulaire qui apparaît vous permet
de récupérer toutes les séquences stockées dans
une liste. Nous avons besoin de télécharger la séquence
protéique de l'insuline au format FASTA, aussi utilisez les
options suivantes :
Sequence: proteins Format: Fasta Mode: direct sendingUne fois que la séquence apparaît dans la fenêtre de votre navigateur, sauvez-la au format texte.
Expect: 1e-10 Descriptions: 200 Alignments: 200Lancez la recherche. Sur la page de résultats, filtrez la sortie afin de ne conserver que les séquences de vertébrés non partielles. Pour ce faire, utilisez les options suivantes du menu
Filter your BLAST
results by taxon, keyword or date
:
Taxon IS Vertebrates Keyword IS NOT partialApres filtrage, ne conservez que les séquences d'insuline d'une longueur supérieure à 70 acides aminés. Notez que les entrées annotées comme
INS1
, INS2
,
Preproinsulin
ou Insulin precursor
sont effectivement
des insulines. Par contre, ne sélectionnez pas les entrées
annotées comme Insulin-like growth factors
ou les
séquences trop courtes. Une fois ceci fait, cliquez sur le bouton
Get selected sequences
et sauvegardez-les dans un fichier texte.
Nous utiliserons ces séquences dans la section 4 de cet exercice.
seaview&
dans une
fenêtre Terminal).
Open
du menu File
.
Align all
du menu Align
(ceci ouvre une fenetre de commande dans laquelle le programme MUSCLE va effectuer l'alignement). Cliquez sur le bouton OK
pour charger l'alignement nouvellement calculé dans SEAVIEW.
Edit
-> Delete sequences
).Vous pouvez ensuite supprimer les gaps inutiles (menu Edit
-> Del. gap-only sites
).
Trees
de SEAVIEW) en utilisant la
méthode de distance
BioNJ avec la distance de Poisson et 500 réplicats
de bootstrap. Une fois l'arbre calculé, racinez-le avec la
séquence de la Myxine (INS_MYXGL
).
Trees
de SEAVIEW) en utilisant la
méthode de maximum de vraisemblance
PhyML avec les paramètres par défaut. Comparez l'arbre avec celui obtenu par BioNJ.