Mes travaux de recherche portent sur l'analyse de données biologiques, la modélisation et les développements méthodologiques. Les thèmes sur lesquels je travaille sont assez variés, et dépendent de mes collaborations. Un thème central des mes recherches est l'étude des interactions et de la co-évolution entre hôte et pathogène (bactéries ou virus). Un problème en particulier sur lequel je me concentre est l'usage biaisé du code génétique et les biais de composition nucléotidiques, leurs causes, et leurs fonctions dans ces interactions.

Je travaille et ai travaillé dans le passé sur de nombreux projets, publiés ou non. Si vous êtes intéressé par n'importe lequel d'entre eux, comme étudiant, collaborateur potentiel, ou juste pour savoir si vous pourriez appliquer la méthodologie à vos propres travaux, n'hésitez pas à me contacter.

Si vous recherchez un stage, vous pouvez jeter un oeil ici.

En cours

Structure des génomes de Meloidogyne Utilisation de la composition des génomes de Meloidogyne pour mieux caractériser leur structure (collaboration avec EGJ Danchin à l'ISA)
Biodiversité de Wolbachia Développement d'une méthodologie statistique pour analyser des données de biodiversité des infections par Wolbachia (collaboration avec M. Cariou et S. Charlat au LBBE).
Détection de patterns dans les graphes Applications biologiques d'un nouvel algorithme de recherche de patterns dans des graphes (collaboration avec H. Soldano et G. Santini à l'ABI).
Evolution des Méthanococcales Co-évolution de l'usage du code et du contenu en acides aminés chez les Méthanococcales (collaboration avec M. Lecocq et C. Brochier-Armanet au LBBE).

Anciens travaux

Biais d'usage du code, composition des génomes et interactions h&circo;tes-path&oggrave;nes

Evolution de l'usage du code Développement d'un modèle phylogénétique de l'évolution du biais d'usage du code génétique. Publié
Détection des pathogènes par le système immunitaire inné Méta-analyse des liens entre composition génomique virale et activation du système immunitaire inné. Publié
Virus de la fièvre catarrhale Analyse comparative de l'usage du code chez le virus et ses hôtes par analyses à grande échelle (collaboration avec F. Arnaud et C. Terzian).
Génomes lentiviraux synthétiques Synthèse de génomes artificiels de virus d'immunodéficience simiens, en vue de tests comme candidats "vaccins vivants" Publié. .
Usage du code chez les lentivirus Analyse de l'usage du code et de la composition nucléotidique chez le VIH-1 et d'autres lentivirus, et comparaison avec leurs hôtes. Publié
Expression des gènes chez L. lactis Analyse et modélisation de l'expression des gènes chez L. lactis, où toutes les variables de la concentration en ARNm la concentration protéique ont été mesurées, pour modéliser entièrement la phase de tranduction.(collaboration with M. Cocaign-Bousquet)
Usage du code et contenu en ARNt chez les bactériophages Analyses croisées de l'usage du code et du contenu en ARN de transferts chez certains bactériophages et leurs hôtes Publié
Usage et robustesse des codons Analyses de l'usage du code en lien avec la robustesse différentielle des codons aux mutations (collaboration avec G. Cambray)
Clustering de gènes bactériens en fonction de leur usage du code Développement et application d'un algorithme de classification des gènes en fonction de leur usage du code, et application à E. coli et B. subtilis Publié

Réseaux biologiques

Inférence du réseau de signalisation chez la levure Développement d'un algorithme "message-passing" pour inférer un réseau de signalisation à partir de données d'expression et d'interaction protéiques, et application à la voie de signalisaiton phéromonale chez la levure. Publié et Publié
Effets combinatoires dans le réseau PDR chez la levure Application d'un algorithme "message-passing" pour l'inférence de régulations combinatoires dans le sous-réseau de résistance pléiotropique chez la levure. Publié
Clustering de données biologiques avec des arbres de Steiner Application d'un nouveau type d'algorithme de clustering basé sur des arbres de Seiner à des données biologiques variées Publié
Régulations génétiques de la pathogénicité chez Salmonella Analyse formelle de la structure du réseau génétique régulant l'expression de l'opéron SPI-1 chez Salmonella enterica Publié
Analyse couplée de données QTL et réseau Analyse de données QTL chez la levure avec une pré-sélection des gènes d'intérêt en fonction de leur position dans un réseau de régulation génétique, pour augmenter la puissance de l'analyse (collaboration avec M. Vergassola)

Autres

Quantification de virus par microscopie optique Analyses statistiques liées au développement d'une nouvelle méthodologie de comptage de virus en solution. Publié
Détection de transposons Développement de scripts pour l'analyse de fichiers RepeatMasker et la détection de transposons Publié; le logiciel est disponible!
Cibles de FOXL2 Analyse de données Chip-ChIP pour retrouver les séquences promotrices du facteur de transcription FOXL2 Publié
Codes-barres ADN Développement d'un outil d'optimisation pour le design de codes-barres ADN dans des applications de séquençage hautement mutiplexées (collaboration avec S. Charlat)
Compensation de dosage: analyses -omiques Une analyse combinant l'usage de données protéomiques et RNA-seq pour réaffirmer l'existence de compensation de dosage sur les complexes protéiques dont les gènes sont situés sur le chromosome X Publié
Origines 5' des CUT Analyse d'un nouveau jeu de données de séquences CUT pour le développement d'un modèle prédictif de la transcription des CUT (collaboration avec A. Jacquier et M. Vergassola)
Analyse comparative de données électrochimiques multivariées Développement d'une méthodologie pour comparer des données multivariées acquises par mesures électrochimiques univariées (collaboration avec C. Giroud, F. Lemaître et C. Policar)
Régulations de FOXL2 Analyse des propriétés biologiques et des séquences promotrices des gènes régulés par FOXL2 Publié
Organisation des gènes cristallins/bistables chez la levure Analyse des propriétés génnomiques des gènes cristallins et bistables chez la levure, en fonction de leur état chromatique ( collaboration avec L. Palmeira)
Infotaxie en environnement multi-sources Généralisation de l'approche d'infotaxie dans un milieu où le chercheur est entouré de plusieurs sources Publié
Rôle des méthionines contre l'oxidation Recherche de structures protéiques qui pourraient servir contre l'oxidation par les ROS ( collaboration avec A. Danchin et M. Vergassola)
Modélisation multi-agent d'écosystèmes hydrothermaux Développement d'un modèle multi-agent pour l'étude du problème de la dispersion larvaire dans les écosystèmes hydrothermaux Publié