Alignements et recherche de similarités

  1. Sur le serveur du NCBI, recherchez la séquence protéique de la globine α humaine (identifiant Swiss-Prot P69905).

  2. Cette séquence possède-t-elle des homologues chez l'Homme ? Si oui, combien ?
    Avant de commencer, précisez la stratégie de recherche que vous allez utiliser (algorithme, choix de la banque, paramètres). Justifiez vos choix.

  3. Il existe XXX homologues de cette protéine chez l'Homme. Est-ce ce nombre que vous avez détecté ?
    Si la réponse est non, quelle explication pouvez-vous apporter au fait que certains homologues ont été manqués ?

  4. Refaites l'analyse réalisée en 2 en utilisant PSI-BLAST. En particulier, ajustez les paramètres afin de prendre en compte la forte divergence des globines humaines.

  5. Téléchargez le fichier HSglobin_NA.fasta contenant les globines humaines.

  6. Ouvrez le fichier avec le programme SeaView. Alignez les séquences avec Muscle. Réouvrez le fichier dans une deuxième fenêtre. Alignez les séquences avec ClustalW. Puis comparez les résultats obtenus.
    Constatez-vous des différences ? Si oui, à quelles positions ?

  7. Utilisez Gblocks pour éliminer les régions où l'alignement est ambigu.
    Combien de positions sont gardées si on se base sur l'alignement obtenu avec Muscle ? Et si on se base sur l'alignement obtenu avec ClustalW ?

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