Search for sequences et Nucleotide
databank. Ensuite, sélectionnez la banque EMBL dans
la liste déroulante. Pour composer votre première requête,
utilisez les critères suivants :
DEFAULT Keyword alpha amylase
AND Species or taxon bacteria
AND Type CDS
List name amy1
Notez le nombre de séquences qui sont retournées par cette
requête. Revenez sur la page de composition et tapez la
requête :
DEFAULT Keyword alpha-amylase
AND Species or taxon bacteria
AND Type CDS
List name amy2
Notez le nouveau nombre de séquences obtenu. Revenez en arrière
et composez maintenant la requête :
DEFAULT Keyword *alpha*amylase*
AND Species or taxon bacteria
AND Type CDS
List name amy3
Le caractère "*" correspond à un Joker,
c'est-à-dire qu'il remplace tous les autres caractères
possibles. Comparez le résultat obtenu avec les deux
précédents. Qu'en concluez-vous ?
ECAE285.AMYA.
Si ce mnémonique ne figure pas sur la première page de
résultats, visualisez les pages suivantes au moyen du bouton vous
permettant de passer d'une page à l'autre. Une fois la page qui
apparaît correspond au CDS. Pour accéder à l'entrée
EMBL proprement dite, cliquez sur le lien ECAE285. Vous
pouvez constater, en parcourant la table des features que plusieurs
autres CDS sont accessibles à partir de cette entrée.
Retrouvez dans les features le CDS correspondant a l'Alpha-amylase puis
cliquez sur le lien correspondant à l'identifiant de proteine
AAC74994 ceci vous permet d'accéder à
l'entrée SWISS-PROT correspondante. À partir de cette
entrée (AMY2_ECOLI), vous pouvez accéder à de nombreuses
autres banques. Connectez-vous sur la base de données bibliographique
MEDLINE au moyen du lien 93015717. En suivant le lien vers
le site de l'éditeur, vous pouvez de récupérer le texte
complet de l'article correspondant dans Journal of Bacteriology.
Revenez sur la page contenant l'entrée AMY2_ECOLI et cliquez sur le lien vers la banque PRODOM. Vous accédez alors au découpage de la protéine en domaines. En cliquant sur l'icône :
vous pouvez accéder à la liste de toutes les protéines de SWISS-PROT qui partagent au moins un domaine avec l'Alpha-amylase d'E. coli. Sauvez la page de résultats en question sur votre ordinateur, nous en auront besoin ultérieurement.
Si maintenant vous cliquez sur une des icônes :
vous visualisez l'alignement du domaine correspondant pour les douze
premières séquences. Vous pouvez augmenter le nombre de
séquences figurant dans l'alignement en modifiant le
paramètre Maximal number of clusters (par exemple,
changez la valeur à 50).
Pour finir, vous pouvez revenir sur la page contenant l'entrée AMY2_ECOLI, puis cliquez sur le lien pointant vers la banque Pfam.
Save selection. Une fois la nouvelle page chargée,
cliquez sur le bouton Retrieve. Sur le document qui apparaît
alors, sélectionnez les options Proteins, Fasta
et Direct sending au moyen des boutons radio ad hoc. Cliquez
ensuite sur le bouton Submit. Une fois la séquence
chargée, copiez-la en mémoire en utilisant l'option
Copier de votre navigateur Web.
Pour effectuer la recherche de similarités proprement dite, ouvrez la page donnant accès à BLASTP. Collez la séquence que vous avez précédemment copiée dans le formulaire et sélectionnez les options suivantes :
Program: blastp
Database: SWISS-PROT+TrEMBL
Expect: 0.0001
Filter: none
Descriptions: 100
Alignments: 100
La recherche sera effectuée dans la banque composite SWISS-PROT +
TrEMBL et les options utilisées limiteront le nombre de séquences
et d'alignements visualisés à 100.
Une fois le calcul lancé, attendez deux ou trois minutes avant de cliquer
sur le lien Click here to see your results. Si vous avez
cliqué avant que les résultats définitifs ne soient
arrivés, utilisez le bouton de votre navigateur Web vous permettant de
recharger la page à intervalles réguliers.
Une fois le résultat retourné, il est possible de le filtrer en utilisant certains critères. Dans notre cas, nous ne conserverons que les séquences bactériennes non partielles. Pour ce faire, il est nécessaire d'utiliser les options suivantes :
Taxon IS Bacteria
Keyword IS NOT partial
Notez qu'il est possible d'accéder aux séquences
détectées comme étant similaires à la
séquence requête en cliquant sur les liens hypertextes
correspondants. Par ailleurs, cliquer sur la valeur de score en bits permet
d'accéder aux alignements par blocs entre la séquence
requête et les séquences de la banque.
LIST au niveau du
menu déroulant Select sequences in the list below,
puis cliquez sur le bouton Get selected sequences. Sur la page
générée, cliquez sur le bouton Analyze.
Une fois la page suivante chargée, cliquez simplement sur le bouton
ALIGN. une nouvelle page permettant de sélectionner les
options de CLUSTAL doit alors apparaître. Gardez toutes les options par
défaut et cliquez sur le bouton SUBMIT. Au bout de quelques
minutes, l'alignement multiple doit s'afficher. Le code couleur utilisé
correspond au degré de conservation des résidus pour chaque
position de l'alignement (rouge : le résidu
est présent à cette position dans toutes les séquences de
l'alignement ; vert : l'ensemble des
résidus présents dans l'alignement présentent un fort
degré de similarité ; bleu :
les résidus présents dans l'alignement présentent
un certain degré de similarité ; noir : les
résidus sont variables à cette position).
Search for falilies, alignments and trees et
Protein databank. Ensuite, sélectionnez la banque
Hobacgen prot. dans la liste déroulante. Pour composer votre
requête, utilisez les critères suivants :
DEFAULT Keyword *alpha*amylase*
AND Species or taxon Bacteria
List name amy4
Sur la page de résultats qui apparaît alors, un certain nombre de
familles provenant d'HOBACGEN apparaissent. Comment expliquez-vous le fait que
tant de familles différentes existent, alors qu'elles correspondent
toutes à des Alpha-amylases ?
Maintenant recherchez quelle famille contient la séquence d'E.
coli que nous avons déjà étudiée
(AMY2_ECOLI). Pour ce faire, cliquez sur les liens correspondants
au numéro de famille, puis visualisez la liste des séquences
associées à au moyen du bouton Sequences qui
apparaît sur la page générée. Une fois la famille
identifiée, revenez en arrière d'un cran afin de pouvoir
accéder aux autres informations . Une fois que vous avez
récupéré la liste des séquences en question,
comparez-là avec celle des séquences qui contenaient au moins un
module PRODOM en commun avec AMY2_ECOLI. Qu'en concluez-vous ?
À partir de la page de la famille il est ainsi possible d'accéder aux informations suivantes :
Species).
Keywords).
Alignment). Notez que chaque entrée est accessible
individuellement au moyen d'un lien hypertexte, mais aussi qu'il est possible
de faire varier le code couleur en fonction du degré de
similarité.
Tree). Encore une fois, il est possible d'accéder
aux entrées correspondantes en cliquant sur les feuillles de l'arbre.
Ouvres la fenêtre de requête accessible au travers du lien croisement de taxons, puis composez la requête suivante :
Taxa to be selected;
Archaea
Bacteria
Eukaryota
Search Type: Inclusive search
Ensuite, sélectionnez l'option Protein databank, et dans le
menu déroulant Database, sélectionnez la banque
HoGenom prot. Laissez les autres options telles quelles.
Au bout d'un certain temps, la liste de toutes les familles pour lesquelles on trouve au moins un gène de bactérie, un gène d'archée et un gène d'eucaryote s'affiche. Que pensez-vous de ce nombre ? En regardant les définitions associées à ces familles, quelle remarque pouvez-vous faire sur les gènes retrouvés dans les trois règnes du vivant ?
La séquence, au format FASTA, figure ci-dessous :
>protX MGGCLPPMLMTVALRFLPPDVKLYGLAAYALTATFTPNIAIPLAALWVEHLGWSWAFWQAIPLCAVCFAA VAYGLPQDPMHLERFRQFDTVGLLTGMPGLCALVLGLLQGDRLDWFESPLITTLLVGGAGLLLAFFVNEA THPLPFFRLDILKRRNFTFGLIALTCILIMIMMTVLIGLPGRYLGALHEYRPLQTAPLTLLVALPQLPAL VLVGALCNIPRVDCRWVMAAGTLCCAISCIGFSFLSSDWTRDNFYPLMLLQIVGQPMAIIPILMLATSAV VPAEGVFASSWFNTTRAIASVFGSALTGYLITARGHFHSDVLVGQLGDSAQATELYLHELHERLPEVAAS ELPGTLGRLVQEQVLTLTLADVFLAASGLALVVFAALLVGAHAHLPPRSPAParmi les questions auxquelles vous devriez pouvoir répondre figurent :
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