TP Utilisation des Banques de Données

Objectifs du TP

1^ère partie : recherches dans les banques

• Interrogations sur les séquences et navigation inter-banques en utilisant les références croisées.
• Recherche de similarités au moyen du logiciel BLAST. Récupération d'un ensemble de séquences homologues puis alignement de ces séquences.
• Interrogations sur les familles de gènes. Visualisation des données associées aux familles (alignements, arbres). Récupération de familles présentes dans un ensemble de taxons.
• Exercice d'application sur une protéine provenant d'un organisme non encore complètement séquencé.

2^ème partie : usage du code chez les bactéries

• Récupération de l'ensemble des gènes d'Escherichia coli.
• Récupération d'un ensemble de gènes hautement exprimés et calcul du facteur d'adaptation des codons en utilisant cet ensemble.
• Calcul d'un ensemble d'indices univariés sur l'usage du code.
• Calcul d'une Analyse Factorielle des Correspondances (AFC) sur la composition en codons des gènes d'E. coli.
• Exercice d'application sur les séquences de Mycoplasma genitalium. Comparaison des stratégies d'usage des codons utilisées par ces deux organismes.