COS

Comparaison de séquences homologues

CLEFS PERMISES :

/LPT

OBJECTIF :

Etude des différences entre deux séquences d'acides nucléiques préalablement alignées, orientée tout particulièrement vers l'analyse fine des changements d'usage du code.

MISE EN OEUVRE :

1) Mettre les deux séquences dans SD1 et SD2, les codons de même numéro se correspondant (ce qui implique de supprimer les codons surnuméraires en cas d'insertion ou de délétion).

2) Taper COS ou COS/LPT

au menu répondre 1 (les 2 autres options, quoique fort intéressantes, n'ont pas encore été développées; si vous en avez l'usage et le courage reportez-vous au chapitre "comment insérer une nouvelle commande" et tenez-nous au courant du résultat !).

LECTURE DES RESULTATS :

Dans tous les tableaux, les lignes correspondent à SD1 et les colonnes à SD2. Les résultats fournis sont:

1. Bilan global de la comparaison, changements de base par position, changements silencieux, changements d'acide aminé.

2. Etude détaillée par position des changements de bases.

3. Tableau des changements d'acides aminés.

4. Pour les acides aminés que vous désirez: recensement des changements de codons quand l'acide aminé est invariant.