DESCRIPTION DES COMMANDES

Les commandes peuvent se decomposer en six groupes :

Définition
• OUV : ouvrir un F.T.A.

• CHB : changer de F.T.P.

• DEF : définir SD1 à partir du F.T.P.

• 2DE : définir SD2 à partir du F.T.P.

• ETA : description de l'état du système.

Edition
• EDI : éditer une séquence.

• EDA : édition de séquences alignées.

Gestion
• PRO : écriture dans F.T.A. des protéines codées par les séquences de F.T.P.

• EXT : extraire une séquence du F.T.P. ou du F.T.A.

• DIS : mise à jour des F.T.

• LIS : lister le contenu du F.T.P.

• INS : ajouter une séquence.

• SUP : supprimer une séquence.

• REN : changer le nom d'une séquence.

• MOD : changer le code génétique ou la phase d'une séquence.

• BLO : découpage en blocs d'une séquence.

Statistiques
• FRB : fréquence des bases.

• FRA : fréquence des acides aminés.

• DOU : fréquence des dinucléotides.

• COD : fréquence des codons.

• BAS : étude des voisinages entre bases.

• COU : étude des voisinages entre codons.

• SNP : statistiques non paramétriques classiques.

• RUN : étude des suites homogènes de bases.

• MVA : interface avec analyse multivariée.(écriture sur fichiers disques de fréquences de suites de bases)

• MVM : codage numérique d'une séquence (interface AFCM)

Recherche de signaux
• RES : carte de restriction.

• TER : recherche de phase ouverte.

• SIG : recherche d'une suite de bases avec ambiguités permises, possibilité d'écriture dans F.T.A. des séquences autour de cette suite.

• CON : détermination d'un consensus.

• SIM : simulation de séquences.

Comparaison de séquences
• ALS : alignement rapide.

• MTL : matrice de points réalisable sur une imprimante laser.

• COS : comparaison de deux gènes protéiques alignés (homologie )

Commandes particulières
• ESP : création d'espace de travail.

• MFS : modification des espaces de travail.

• EXP : calcul de diverses fonctions paramétrées sur les séquences, sortie semi- graphique possible de profils.

Autre commande
• QUI : définir les caractéristiques du terminal.