DEF

Définition d'une séquence (SD1).

CLEFS PERMISES :

AUCUNE.

OBJECTIF :

Définir la séquence (notée SD1) sur laquelle seront appliqués les traitements suivants.

MISE EN OEUVRE : DEF

La commande permet de définir une séquence en concaténant des fragments. Un fragment est une sous-séquence d'une séquence du fichier ou de son brin complémentaire ( et même, bien que cela ait peu d'intérêt, cette sous séquence écrite de 3' vers 5')

un fragment peut avoir l'une des 4 formes suivantes:

• < nom séquence >

  est soit le nom d'une séquence du F.T.A., soit son numéro dans ce fichier précédé de # (par exemple #3 pour la 3ème séquence du F.T.A.)

• < nom séquence>(n1,n2)

  n1 et n2 sont les numéros des bases extrêmes du fragment dans la séquence (par exemple #3(10,20) est le fragment de 11 bases commençant à la 10ème base et se terminant à la 20ème de la 3ème séquence du F.T.A.)

  si n1 > n2 l'écriture est renversée

• -< nom séquence>

  "-" devant un fragment échange les C et G d'une part, les A et les U d'autre-part.

• -< nom séquence>(n1,n2)

  Le brin complémentaire est donc -#3(1000,1) si du moins la longueur de la séquence 3 est inférieure ou égale à 1000. Pour concaténer plusieurs fragments, il suffit de les séparer par un point virgule ou de les placer sur plusieurs lignes consécutives. On termine la définition de SD1 par une ligne vide

Exemple

nom

----------------------------------------------------

seq1	ACCAGACUUCGAGCAUUAC

----------------------------------------------------

seq2	CGCGCAUAUACCCGGGG

-----------------------------------------------------

%DEF

?

seq1(10,15) -> CGAGCA

%DEF

?

#2(10,14); #1(5,8)

?

seq2(10,100)

Le résultat sera le suivant: ACCCGGACUACCCGGGG

%DEF

? #-2(100,10) ->CCCCGGGU?

%DEF

? -seq1(1,5)->UGGUC?