MVA

Création de fichier de fréquences

CLEFS PERMISES:

AUCUNE

OBJECTIF :

Sort sur disque pour chaque séquence du F.T. certaines fréquences absolues.

MISE EN OEUVRE :

MVA

Le fichier de sortie peut au choix être binaire ou formaté (dans les deux cas, les valeurs écrites sont entières), dans le second cas on rentre le format de sortie (syntaxe des formats FORTRAN).

Un menu offre le choix entre :

  1. Codons (terminateurs exclus):

    les fréquences des codons rangés par ordre alphabétique (le nombre de codons par séquence dépend du code génétique).

  2. Acides aminés :

    l'ordre d'écriture des différentes valeurs est celui d'écriture des acides aminés dans la commande COD.

  3. Troisième base des quartets :

    fréquences absolues de A,C,G,U en 3ème position des quartets.

  4. Autres :

    fréquences des suites de bases d'une longueur donnée avec un décalage (ou pas) donné entre deux suites consécutives à partir d'un point de départ donné.

exemple

Fréquence des doublets en position II-III des codons



	

Longueur :	2	

Pas :	3	

Départ :	2

Un des objectifs classique de MVA est l'utilisation, sur le fichier créé, d'analyses multivariées (Analyse des correspondances par exemple ).