SNP

Tests non paramétriques

CLEFS PERMISES : TOT,/CUM,/LPT

OBJECTIF :

Calcul des approximations normales des statistiques non-paramétriques classiques pour le modèle de permutation des bases.

MISE EN OEUVRE : SNP

Le programme demande si on veut traiter toutes les bases ou seulement les suites des bases occupant la même position dans les codons. On peut ensuite choisir l'ensemble des bases (3 au plus !) qui constitueront les "1" de la suite binaire sur laquelle les statistiques seront calculées. On peut d'autre part analyser la suite binaire obtenue en remplaçant certains codons par des 1, les autres par des 0 . Les codons qui deviendront 1 peuvent être spécifiés de 3 façons :.
• Taper les codons , 1 par ligne au terminal.

• Taper un codon "générique" par exemple -> AC-N-G est la liste de codons commençant par A ou C et terminé par G

• Donner le nom d'un fichier contenant des codons.

LECTURE DES RESULTATS :

Cinq statistiques sont calculées ainsi que leurs valeurs normalisées:
• SR : somme des rangs.

• VR : variance des rangs, c'est une mesure de dispersion des 1 par rapport au milieu de la suite.

• GC : groupement autour du centre observé de la distribution; il mesure la dispersion autour du milieu de la suite.

• NS : nombre de suites homogènes de 1 ou de 0.

  si NS est faible il y a agrégativité.

  si NS est fort il y a régularité.

• GM : groupement multiple variance des nombres de 0 séparant deux 1 consécutifs .

  si GM est faible il y a régularité.

  si GM est fort il y a agrégativité.

  SR : somme des rangs	**-***-----------     ==>  SR faible
  		
  
                          ---------***--***     ==>  SR fort
  
  
  VR : variance des rangs	-------****-------    ==>  VR faible	
  
                           ***----------****    ==>  VR fort
  
  GC : groupement autour	---*****---------     ==>  GC faible 
  
         du centre        -***---***-------     ==>  GC fort
  
  NS : nombre de suites	--***---***--***-     ==>  NS faible 	
  
                          -*-*-*-*-*-*-*-*-     ==>  NS fort
  
  GM : groupement multiple--*-*-*-*-*-*-*-*-    ==>  GM faible	
  
                           --***---***--***-    ==>  GM fort
  
  
  

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