Bonjour,
la co-inertie n'est pas optimale de ce point de vue. En effet, pour
avoir les deux jeux de scores sur le meme plan, il faut les dilater pour
avoir une variance de 1 (c'est pour ca qu'on a un jeu de scores special
pour faire cette représentation en coinertie).
Un meilleure solution est l'analyse procuste qui a une qualité de
repésentation optimale (on cherche a mininmiser l'erreur autour des
observations).
La somme des ecarts au carré entre un tableau et l'autre rotationé donne
ce qu'on veut. Dans R, on fait:
data(macaca)
pro2 <- procuste(macaca$xy1, macaca$xy2)
s.match(pro2$tab1, pro2$rot2, clab = 0.7)
s.match(pro2$tab2, pro2$rot1, clab = 0.7)
apply((pro2$rot2-pro2$tab1)^2,1,sum) # dans un sens
apply((pro2$rot2-pro2$tab1)^2,1,sum) # dans l'autre
# les deux sont equivalents
Ici c'est sur deux axes, en garder plus pour avoir l'information sur
plus de dimensions.
Enfin, un excellent article sur la question (y'a pas de mal à se faire
du bien):
*
S. Dray*, D. Chessel, J. Thioulouse (2003): Procrustean co-inertia
analysis for the linking of ecological tables. /Ecoscience/, vol. 10,
110-119.
disponible ici: http://www.steph280.freesurf.fr/
Cordialement,
Jean-Louis Devineau wrote:
> Bonjour ,
>
>
> Je bute sur la question suivante…
> Une analyse de co-inertie d’un tableau espèce / relevé (présence
> absence, abondance etc.) et d’un tableau espèce / descripteurs de
> milieu (fréquence des espèces dans les classes de descripteurs) permet
> une représentation par projection simultanée de la position des
> espèces en fonction des descripteurs de milieu et de la végétation. La
> distance entre ces deux représentation peut être matérialisée
> graphiquement sur le plan de deux axes à l’image de ce qui est
> présenté pour des relevés figure 7 de la fiche thema 4.1(j’utilise
> ADE_4 « classique »). Le calcul de cette distance sur un plan est
> simple et peut être suffisante lorsque l’inertie expliquée par les
> premiers axes est forte. Mais comment faire si l’on veut de façon plus
> générale (sur l’ensemble du « nuage ») calculer cette distance qui
> sépare la place « sociologique » d’une espèce et sa place définie par
> les descripteurs de milieu considérés ? La réponse de D. Chessel à
> Eric Laloum (29 Juin 1998 !) « Distance entre 2 matrices de distances
> » pourrait-elle être une piste ?
> Merci si quelqu’un peut me renseigner
>
> JL DEVINEAU
>
> --
>
>
-- Stéphane DRAY (dray@biomserv.univ-lyon1.fr ) Laboratoire BBE-CNRS-UMR-5558, Univ. C. Bernard - Lyon I 43, Bd du 11 Novembre 1918, 69622 Villeurbanne Cedex, France Tel: 33 4 72 43 27 57 Fax: 33 4 72 43 13 88 http://www.steph280.freesurf.fr/
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