Re: probleme avec l'utilisation de la fonction mstree

From: Stéphane Dray (dray@biomserv.univ-lyon1.fr)
Date: Tue May 23 2006 - 14:29:33 MEST

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J'avoue ne pas bien comprendre la manip.

dans mat, les lignes 1,3,4,5 sont equivalentes et les lignes 6,8,9,10
egalement. Donc, on a en fait 4 individus distincts. Le mst est un
graphe connexe, autrement dit on peut aller a tous les points en partant
de n'importe quel point sur le graphe. Il n'y aura jamais de clusters
separés.
Le coup des distances nulles est assez étrange.

Nicolas Turenne wrote:

> Bonjour à tous,
>
> Je suis un nouvel utilisateur d'ADE-4.
> Je souhaite utiliser la fonction mstree qui calcule une
> matrice de liens adjacents avec l'algorithme du minimum spanning tree.
>
> Si j'utilise les donnees suivantes:
> > x1=c(1,1,1,1,1,0,0,0,0,0);
> > x2=c(1,0,1,1,1,0,0,0,0,0);
> > x3=c(1,1,1,1,1,0,0,0,0,0);
> > x4=c(1,1,1,1,1,0,0,0,0,0);
> > x5=c(0,0,0,0,0,1,0,1,1,1);
> > x6=c(0,0,0,0,0,1,1,1,1,1);
> > x7=c(0,0,0,0,0,1,1,1,1,1);
> > x8=c(0,0,0,0,0,1,0,1,1,1);
> > mat=data.frame(x1,x2,x3,x4,x5,x6,x7,x8);
>
> j'obtiens la matrice:
> > mat
> x1 x2 x3 x4 x5 x6 x7 x8
> 1 1 1 1 1 0 0 0 0
> 2 1 0 1 1 0 0 0 0
> 3 1 1 1 1 0 0 0 0
> 4 1 1 1 1 0 0 0 0
> 5 1 1 1 1 0 0 0 0
> 6 0 0 0 0 1 1 1 1
> 7 0 0 0 0 0 1 1 0
> 8 0 0 0 0 1 1 1 1
> 9 0 0 0 0 1 1 1 1
> 10 0 0 0 0 1 1 1 1
>
> en appliquant la routine je m'attends a trouver deux branches
> (clusters) et en fait tout est lie'
> par le biais des individus 7 et 2:
>
> > mat=data.frame(x1,x2,x3,x4,x5,x6,x7,x8);
> > D = dist( mat, method= "euclidian");
> > MatAdjMst = mstree( D, 1); s.label(mat[,1:2], clab = 0, cpoi = 2,
> neig = MatAdjMst, cnei = 1);
> > MatAdj01 = neig2mat(MatAdjMst);
> > print(MatAdj01);
> 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
> 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
> 2 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0
> 3 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
> 4 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0
> 5 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
> 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
> 7 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1
> 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
> 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
> 10 0 0 0 0 0 1 1 1 1 0
>
> J'ai peut-etre mal calcule' la matrice de dissimilarite'.
>
> Merci d'avance de l'aide que vous pourrez m'apporter.
>
> Bien cordialement.
>
> N.T.
>
>

-- 
Stéphane DRAY (dray@biomserv.univ-lyon1.fr )
Laboratoire BBE-CNRS-UMR-5558, Univ. C. Bernard - Lyon I
43, Bd du 11 Novembre 1918, 69622 Villeurbanne Cedex, France
Tel: 33 4 72 43 27 57       Fax: 33 4 72 43 13 88
http://www.steph280.freesurf.fr/

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