Bonjour,
les deux quantités ne donnent pas la meme information. La corrélation
canonique est la racine de la valeur propre, la part d'inertie associé a
une valeur propre vaut la valeur propre divisé par la somme des valeurs
propres (inertie totale). Le pourcentage d'inertie est donc fonction de
la structure du tableau, c'est le rapport de la structure sur un axe sur
la structure totale du tableau.
Votre premier cas doit ressembler a ca:
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Le second:
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Dans le second, il y a beaucoup d'etoile sur le premier axe, mais ca
représente seulement 10 % du total des étoiles. Dans le premier cas, il
y a moins d'étoiles sur le premier axe mais ca représente 50 % du total
des étoile.
Karine Jacquet wrote:
> Bonjour,
>
> Je souhaite vous poser une question pas directement tournée vers ade4
> ou R, mais sur les résultats d'analyses, à propos du lien, après une
> Analyse Factorielle des Correspondances par exemple, entre les
> pourcentages de variances expliqués par les axes factoriels de
> l'analyse et les corrélations canoniques (racines carré des valeurs
> propres).
>
> En fait, on m'a reproché, pour une publication, le fait que j'ai un
> faible pourcentage de variance expliqué par mon premier axe, alors
> qu'on voit clairement que l'ordination est correcte. Aussi je me suis
> penchée sur les corrélations canoniques, et j'ai trouvé une forte
> corrélation canonique associée à ce premier axe.
>
> Or là, je suis confronté à un autre cas qui me laisse perplexe. Après
> une AFC sur une matrice de structure de végétation (contenant des
> pourcentages de recouvrements de strates de végétation, avec 96
> relevés et 8 strates), j'obtiens, pour mon premier axe factoriel, une
> variance expliquée de 56,3% et une corrélation canonique de...0,26 !
> Pourquoi cette corrélation canonique est -elle si faible en
> comparaison du pourcentage de variance expliquée?
>
> Inversement, sur l'AFC d'abondance spécifique d'oiseaux (d'une matrice
> à 93 relevés et 58 espèces) j'obtiens, pour le premier axe factoriel,
> un pourcentage de variance expliqué de 9,6 % et une corrélation
> canonique de 0,51...pourquoi est-elle si élevée en comparaison du
> pourcentage de variance?
>
> Je ne comprends pas le lien entre ces deux facteurs...pourriez-vous
> m'y aider?
>
> Je vous remercie par avance,
>
> Karine Jacquet
>
-- Stéphane DRAY (dray@biomserv.univ-lyon1.fr ) Laboratoire BBE-CNRS-UMR-5558, Univ. C. Bernard - Lyon I 43, Bd du 11 Novembre 1918, 69622 Villeurbanne Cedex, France Tel: 33 4 72 43 27 57 Fax: 33 4 72 43 13 88 http://www.steph280.freesurf.fr/
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