- a -

• AllRatesSiteLikelihoods : bpp

- b -

• BackwardLikelihoodAbove : bpp
• BackwardLikelihoodAboveRef : bpp
• BackwardProportion : bpp
• BackwardTransition : bpp
• BaseTree : bpp
• Bitset : bpp
• BuildConditionalLikelihood : bpp

- c -

• ConditionalLikelihood : bpp
• ConditionalLikelihoodDAG : bpp
• ConditionalLikelihoodForward : bpp
• ConditionalLikelihoodForwardRef : bpp
• ConditionalLikelihoodRef : bpp
• ConditionalLikelihoodTree : bpp

- d -

• DAGindexes : bpp
• DAProb : bpp
• DataLik : bpp

- e -

• EFArray : bpp
• EFMatrix : bpp
• EFoutput : bpp
• EFVector : bpp
• EmissionLogk : bpp
• ExtendedFloatArray : bpp
• ExtendedFloatArrayXd : bpp
• ExtendedFloatMatrix : bpp
• ExtendedFloatMatrixXd : bpp
• ExtendedFloatRowVector : bpp
• ExtendedFloatRowVectorXd : bpp
• ExtendedFloatVector : bpp
• ExtendedFloatVectorXd : bpp

- f -

• ForConvert : bpp
• ForConvert2 : bpp
• ForwardLikelihoodBelow : bpp
• ForwardLikelihoodBelowRef : bpp
• ForwardProportion : bpp
• ForwardTransition : bpp
• ForwardTransitionFunction : bpp

- i -

• INode : bpp

- l -

• LikelihoodFromRootConditional : bpp
• LikelihoodFromRootConditionalAtRoot : bpp

- m -

• MatchingType : bpp
• MatrixLik : bpp
• MixtureBackward : bpp
• MixtureForward : bpp

- n -

• NodeRef : bpp
• NodeRefVec : bpp

- p -

• PatternType : bpp
• Proba : bpp
• ProbaMul : bpp
• ProbaRef : bpp
• ProbaSum : bpp
• ProcessComputationNodeRef : bpp
• ProcessEdgePtr : bpp
• ProcessNode : bpp
• ProcessNodePtr : bpp

- r -

• RowLik : bpp

- s -

• SiteLikelihoods : bpp
• SiteLikelihoodsDAG : bpp
• SiteLikelihoodsRef : bpp
• SiteLikelihoodsTree : bpp
• SiteWeights : bpp
• SNode : bpp
• SpeciationBackward : bpp
• SpeciationForward : bpp
• Speciesindex : bpp
• SPTree : bpp

- t -

• TotalLogLikelihood : bpp
• TransitionFunction : bpp

- v -

• ValueRef : bpp
• VDataLik : bpp
• VectorLik : bpp
• VVDataLik : bpp