<x-charset ISO-8859-1>Bonjour,
Désolé de tant tarder à répondre à votre demande d'aide technique... Et
merci de votre patience.
Il y a eu effectivement d'importants changements entre la version actuelle
et la version qui permettait de réaliser les graphiques RLQ dans la doc de
1996-97. Bon... on peut s'en sortir de la manière suivante. Le programme
Tables:TabMeanVar permet de faire l'équivalent de la figure 17 de la doc
(averaging d'espèce sur un gradient de relevés). Il suffit d'utiliser le
paramétrage suivant (Les noms de fichiers seront bien entendu ceux que vous
aurez choisis):
Input table File : AuFau (tableau faunistique)
X-position file : MoyCond (fichier des moyennes conditionnelles par espèces
obtenues par MatAlg: Diagonal Inner Product)
Y-position file : A.&&L1 (fichier des coordonnées des relevés dans la RLQ)
Utiliser ranking sur les X et ordination sur les Y.
Copier-Coller dans un logiciel de dessin. Il suffit d'une petite rotation de
90° dans le sens des aiguilles d'une montre pour obtenir la figure 17. (On
peut faire un "étiquetage espèces" avec graph1D: labels en utilisant le
fichier MoyCond et ules noms d'espèces. Attention de faire une rotation à
180° dans le sens des aiguilles d'une montre pour les mettre en
correspondance avec le graphe précédent. Utiliser les commandes miroir
vertical ou horizontal sur votre logiciel graphique).
L'équivalent de la figure 18 peut être obtenue avec le module TabCat.
L'option TabCat: Values permet de positionner les valeurs des poids des
variables en utilisant les positions moyennes des espèces. Il faut utiliser
le même dialogue qu'à la page 59 de la doc :
---.cat file : AuEsp.Cat (tableau de catégories associées aux traits des
espèces)
Option: Row score X : MoyCond (fichier des moyennes conditionnelles par
espèces obtenues par MatAlg: Diagonal Inner Product)
Option: Row weight file : AuEsp.cmpl (fichier des poids de l'ACM des traits)
Pour obtenir un résumé de ces distributions, il faut utiliser TabCat:
MeanVar avec le même dialogue d'entrée. On obtient la position des
catégories de traits à la moyenne de leur distribution parmi les espèces et
on a en plus une idée de l'amplitude de distribution. On vérifie que ces
résultats sont conformes à ceux obtenus à la Figure 18 de la doc (sans les
histogrammes).
En superposant les résultats de TabCat: Values et de TabCat: MeanVar on a
l'intégralité de l'opération d'averaging.
Voilà j'espère que ces informations tardives seront utiles malgré tout.
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If any one would like a tranlation of this mail into English, please feel
free to ask.
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Bien cordialement,
Sylvain Dolédec
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UCB Lyon 1
CNRS - Ecologie des Hydrosystèmes Fluviaux
Bât 401C
43 Bd du 11 novembre 1918
69622 Villeurbanne
phone: +33 (0) 472431363
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http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4/ADE-4.html
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>De : GARRO Francisco <garro@caiena.cayenne.ird.fr>
>À : adelist@biomserv.univ-lyon1.fr
>Objet : demande de renseignements sur graphiques RLQ
>Date : Mer 20 sep 2000 16:08
>
> Salut à tous,
>
> Je suis en train de travailler avec des analyses RLQ et j'ai eu des
> problèmes spécifiquement avec l'élaboration des graphiques des tableaux L et
> Q montré dans les fascicule 4.4 (RLQ Analysis page 32). Les renseignement
> présentes dans le fascicule mentionnent l'application TabMeanVar, pour le
> tableau L, et Categorical scoring diagram pour le tableau Q. J'ai trouvé le
> TabMeanVar dans TABLES mais les cases à remplir avec les fichiers ne
> correspondent pas à ceux montré dans le fascicule. J'ai utilisé les jeux de
> donnes de l'exemple dans le fascicule (AviUrba et AviUrba+1), en pensent
> que peut être est mon jeu de donné que n'est pas bien organisé, mais je n'ai
> a pas réussi non plus a avoir le graphique.
> Le Categorical scoring diagram n'est pas présent dans la nouvelle version
> ADE-4 mais j'ai trouve une application similaire (MeanVar) dans TabCat mais
> le graphique n'est pas le mêmes que ceux montrés dans les fascicules
> Je voudrais savoir 1) si para hasard sont les fichiers qu'il faut changer
> dans l'application TabMeanVar de la nouvelle version ADE4 ; 2) quelle
> application dans la nouvelle version ADE4 est l'équivalente à Categorical
> scoring diagram ?
> Merci en avance.
>
> Francisco Leonardo Tejerina Garro
> Laboratoire d'hydrobiologie
> Centre IRD de Cayenne (ex ORSTOM)
> Route de Montabo
> B.P. 165 97323 Cayenne Cédex
> France
> Fax: 0594319855
> garro@cayenne.ird.fr
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>
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</x-charset>
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