Christelle Pommié <cpommie@ligm.igh.cnrs.fr> ecrit:
>Je souhaite maintenant effectuer une classification
>pour clarifier les graphiques de l'AFC et les 3 classes. Je commence
>par créer une matrice de distances, avec le module clusters. Dois-je
>rentrer le fichier binaire des effectifs ou des coordonnées?
On peut faire les calculs de distance sur les deux fichiers, en prenant
de preference la distance euclidienne si on utilise les coordonnes, et la
distance du chi2 sur les effectifs.
>Ensuite, je veux créer une hierarchie avec Ward (module clusters), et
>dans "input file (data table)" dois-je mettre le tableau d'effectifs
>(51x3 en binaire) ou la matrice de distance (fichier .dist 51x51)?
Pour la methode de Ward, il faut mettre le tableau de donnees (data table),
c'est a dire ici soit le fichiers des coordonnees factorielles, soit le
fichier des effectifs, selon qu'on veut faire la classification sur les
donnees elles memes ou sur le resume calcule par l'AFC. Il etait dans ce
cas inutile de calculer la matrice de distances.
Jean
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Jean Thioulouse - Laboratoire de Biometrie et Biologie Evolutive
Universite Lyon 1 - Bat 711 - 69622 Villeurbanne Cedex - France
Fax: (33) 4 78 89 27 19 Tel/Fax: (33) 4 72 43 27 56
http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4/JTHome.html
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