Bonjour,
une lecture attentive de la fiche Thema 3.5 pourrait donner des informations
de fond sur la prise en compte et ou l'élimination d'effets (à partir de la
p. 11 en particulier)
(ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/mac/ADE/ADE4/DocThemPDF/Thema35.pdf)
Il y a par ailleurs divers références bibliographiques dans la pile ADE sur
la décomposition des effets de l'espace et du temps dans un tableau
floro-faunistique et sur la décomposition d'effets en général telle que
programmer dans le module "Projectors". Dans l'exemple "Méaudret" le plan
est complet (il ne manque ni dates ni stations dans l'échantillonnage...
c'est assez rare en fait?). Ceci confère des propriétés particulières à la
décomposition. Si l'on note A l'effet station et B l'effet date. L'effet
additif A+B représente 75.98% de l'inertie totale et correspond à la somme
de l'effet de B (effet saison, 31.85% d'inertie comme indiqué dans la fiche
thématique 2.6) et de l'effet de A/B (effet station sachant la saison,
44.13%) mais ausi à la somme de l'effet de A (44.13%) et de l'effet de B/A
(31.85%).
L'illustration de l'inter-saison n'a qu'une justification opérationnelle
dans le cadre d'une fiche pédagogique et permet de tester des graphiques,
des calculs et des procédures. Effectivement du point de vue de l'exemple
biologique on retiendrait plutôt l'intra-saison pour comprendre l'impact de
cet effet. Ceci pourrait amener à envisager l'usage d'analyses
multi-tableaux mais ceci est une autre histoire...
Bien cordialement,
Sylvain Dolédec
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CNRS - Ecologie des Hydrosystèmes Fluviaux
"Biodiversité lotique et contraintes physiques"
Bât DarwinC
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69622 Villeurbanne Cedex
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phone: +33 (0)4 72431363
fax: +33 (0)4 72431141
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-----Message d'origine-----
De : owner-adelist@biomserv.univ-lyon1.fr
[mailto:owner-adelist@biomserv.univ-lyon1.fr]De la part de Stephane Dray
Envoyé : lundi 19 août 2002 14:33
À : adelist@biomserv.univ-lyon1.fr
Objet : Re: Èliminer un effet...
> Bonjour.
>
>Quelques petites questions concernant l'utilisation des analyses
>inter-intras.
>
>Losque l'on prend le fichier servant d'exemple d'ADE (Méaudret), et que
>l'on réalise une ACP intra-saison, on élimine l'effet de ce facteur en
>générant une carte factorielle représentant la distribution des stations
>d'échantillonnage à chaque saison.
>Par la suite, lorsque l'on réalise une inter-saisons, je crois
>comprendre que l'effet station n'est pas éliminé. Quel est donc l'apport
>d'une inter-saison ? aura-t-on le droit de conclure que l'effet saison
>est significatif, même si l'effet station est inclu dans l'analyse ?
le principe des analyse inter-intra est assez simple.
Si on considere un tableau X de variables quantitative, on peut
calculer un tableau X- qui contient les moyennes de chacune des
variables par saison pour chaque station. X- contient des valeurs
identiques pour toutes les stations echantillonnée a une meme saison.
On a donc eliminé les différences intra-saison et on se concentre sur
les différences entre les saisons, c'est l'acp inter.
De la meme maniere, on peut calculer X+ contenant les différences
entre la valeur de chaque station et la moyenne calculée par saison
(i.e. X+=X-(X-)). C'est l'acp intra ou l'on elimine l'effet de chaque
saison pour effacer l'effet de variations temporelles et l'on se
concentre sur les différences intra-saisons.
acp, acp inter et acp intra sont complémentaires car X=(X+)+(X-), on
a donc une décomposition complète de l'inertie
>Ma seconde interrogation est la suivante : comment procéder pour isoler
>les effets dûs à différents facteurs dans le cas où je dispose de 2
>facteurs spatiaux (rivière, station) et 2 facteurs temporels (année,
>saison) ?
Pour étudier les variations spatiales et temporelles, il faudrait
peut etre regarder du coté des méthodes k-tableaux. La thèse de
Laurence Blanc peut vous intéresser. Elles est disponible à
ftp://pbil.univ-lyon1.fr/pub/mac/ADE/ADE4/THESELB.pdf
>En vous remerciant de l'attention que vous avez d'ores et déjà porté à
>ma requête,
>
>Cordiales salutations,
>
>Yorick REYJOL
>Limnologisches Institute,
>KONSTANZ
>DEUTSCHLAND
>
>
>___________________________________________________________________________
___
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-- Stéphane DRAY --------------------------------------------------------------- Biométrie et Biologie évolutive - Equipe "Écologie Statistique" Universite Lyon 1 - Bat 711 - 69622 Villeurbanne CEDEX - FranceTel : 04 72 43 27 56 Fax : 04 78 89 27 19 04 72 43 27 57 E-mail : dray@biomserv.univ-lyon1.fr --------------------------------------------------------------- ADE-4 http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4/ADE-4F.html ---------------------------------------------------------------
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