Salut,
Normalement ce script fait cela très bien si tu veux réellement la variabilité des niches sur les axes sélectionnés
VarScore_function (score, df)
{
nvar <- ncol(df)
mat_matrix(0,ncol=2,nrow=nvar)
sum.col <- apply(df, 2, sum)
df <- df[, sum.col > 0]
nvar <- ncol(df)
sum.col <- apply(df, 2, sum)
df <- sweep(df, 2, sum.col, "/")
for (i in 1:nvar) {
w <- df[, i]
x.moy <- sum(w * score)
x.et <- sqrt(sum(w * (score - x.moy)^2))
mat[i,1]_x.moy
mat[i,2]_(x.et)*(x.et)
}
return (mat)
}
Wilfried Thuiller
THUILLER Wilfried
Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive
CNRS UPR 9056
1919, Route de Mende
34293 Montpellier cedex 5
France
Tel : 33 (0)4-67-61-34-23
Fax : 33 (0)4-67-41-21-38
Advanced Terrestrial Ecosystem Analysis and Modelling
http://www.pik-potsdam.de/ateam/
> -----Message d'origine-----
> De : Karine Jacquet [mailto:kjacquet@univ-montp2.fr]
> Envoyé : 22 July 2003 11:09
> À : adelist@biomserv.univ-lyon1.fr
> Objet : variance des niches écologiques
>
>
> Bonjour,
>
> J'ai réalisé l'analyse de niche du logiciel ADE4 (j'ai
> d'ailleurs du passer
> par le logiciel R où j'ai téléchargé le package ade4 en
> raison de problèmes
> sur mon logiciel ade4). J'ai un tableau sur des profils de
> stratification
> de la végétation que je soumets à une ACP et un tableau
> faunistique avec 40
> espèces d'oiseaux. J'ai obtenu, pour chacune des espèces de
> mes relevés,
> une ellipse de niche écologique. Je souhaiterai savoir
> comment je peux
> obtenir les valeurs des variances de ces ellipses sur les
> axes F1 et F2
> obtenus afin de pouvoir les utiliser ultérieurement?
>
> Karine Jacquet
>
>
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