Re: ACP : contribution et cos carre

From: Daniel Chessel (chessel@biomserv.univ-lyon1.fr)
Date: Fri Nov 07 2003 - 08:51:15 MET


At 19:54 06/11/2003 +0100, Gael Millot wrote:
>Bonjour.
>
>J'aurai de fait d'autres questions, maintenant que j'ai bien avance sur l'obtention
>des valeurs propres et vecteurs propres (Je debarque tout juste dans l'analyse
>multivariee et dans R, intersection des deux ensembles nuls ;o)).
>
>Probleme mineur (je peux le contourner tous seul):
>1- Existe t'il une fonction dans ade4 qui donne la qualite de la representation Q d'une var initiale
>dans un cercle de correlation sous forme de tableau (Q = rx1,cp1^2+rx1,cp2^2) ?
>2- La contribution des individus a lambda (coord sur cp1^2/lambda1 si donnees centrees) dans un
>tableau ?
>3- La qualite de la projection des ind sur un plan (Qcp1,cp2 = (lambda1+lambda2)/Inertie totale) ?
>
>Probleme plus gros pour moi :
>4- Obtenir les cos ou les cos carres de chaque ind sur un plan de cp avec ade4 et/ou dans R.

Les statistiques d'inertie sont disponibles dans ADE-4 avec :
DDUtil: Rows: Inertia analysis
DDUtil: Columns: inertia analysis

Ces fonctions dans ade4 sont assurées par
inertia.dudi(dudi, row.inertia = FALSE, col.inertia = FALSE)

on obtient la répartion de l'inertie entre les axes et
si row.inertia est vraie les statistques d'inertie des lignes
si col.inertia est vraie les statistques d'inertie des colonnes

on a
abs pour contribution absolue (part de l'inertie d'un axe attribuée à une ligne ou une colonne)
rel pour contribution relative (part du carré de la distance à l'origine projetée sur un axe)
cum pour contribution cumulée ou encore cos^2 entre un point et un sous-espace factoriel

donc tout est disponible dans cette fonction pour un schéma quelconque en particulier en ACP
Cordialement

>

Daniel Chessel - chessel@biomserv.univ-lyon1.fr



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