Bonjour,
je travaille actuellement sur des données concernant la faune piscicole de lacs américains, regroupant
un tableau faunistique, un tableau de caractéristiques environnementales (profondeur du lac, surface du
lac, surface du bassin versant, altitude...), un tableau de variables décrivant les pressions anthropiques
(densité de population, degré d'urbanisation, densité de route...), ainsi qu'une table contenant des
métriques de bio-indication (pourcentage d'individus lithophiles...).
Je cherche à quantifier la part de variabilité dans la communauté piscicole due aux pressions
anthropiques en ayant pris soin d'écarter les effets environnementaux (en d'autres termes à séparer la
variance du tableau faunistique en quatre composantes : purement environnementale, purement anthropique,
interaction entre les deux et inexpliquée).
Deux points de vue sont envisagés :
- le premier en soumettant chaque metrique poisson à une regression multiple
- le second par une approche multivariée
Pour l'analyse multivariée l'utilisation d'une analyse canonique des correspondances partielle est envisagée
les variables environnementales et anthropiques traitées par des ACP séparées). Dans le logiciel R, le package
vegan semble contenir une fonction susceptible de la réaliser, mais les sorties ne sont pas très explicites.
Je n'ai pas trouvé d'équivalent dans le package ade4 pour R. Si vous connaissez la fonction (cca sous vegan),
pouvez-vous me donner quelques explications quant à son utilisation ?
Je vous remercie.
Julien DE BORTOLI
Cemagref - Unité Ressources Ichtyologiques en Plans d'Eau
361, rue J.F. Breton
BP 5095 - 34033 Montpellier Cedex
Tel : 04 67 04 33 90
Fax : 04 67 63 57 95
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