At 09:49 05/04/2004 +0200, julien de bortoli wrote:
>Bonjour,
>
>je travaille actuellement sur des données concernant la faune piscicole de lacs américains, regroupant
>un tableau faunistique, un tableau de caractéristiques environnementales (profondeur du lac, surface du
>lac, surface du bassin versant, altitude...), un tableau de variables décrivant les pressions anthropiques
>(densité de population, degré d'urbanisation, densité de route...), ainsi qu'une table contenant des
>métriques de bio-indication (pourcentage d'individus lithophiles...).
>Je cherche à quantifier la part de variabilité dans la communauté piscicole due aux pressions
>anthropiques en ayant pris soin d'écarter les effets environnementaux (en d'autres termes à séparer la
>variance du tableau faunistique en quatre composantes : purement environnementale, purement anthropique,
>interaction entre les deux et inexpliquée).
>Deux points de vue sont envisagés :
> - le premier en soumettant chaque metrique poisson à une regression multiple
> - le second par une approche multivariée
>
>Pour l'analyse multivariée l'utilisation d'une analyse canonique des correspondances partielle est envisagée
>les variables environnementales et anthropiques traitées par des ACP séparées). Dans le logiciel R, le package
>vegan semble contenir une fonction susceptible de la réaliser, mais les sorties ne sont pas très explicites.
>Je n'ai pas trouvé d'équivalent dans le package ade4 pour R. Si vous connaissez la fonction (cca sous vegan),
>pouvez-vous me donner quelques explications quant à son utilisation ?
>Je vous remercie.
>
Personne ne répond ! La question est un peu génante.
La documentation de cca dans vegan est remarquablement explicite et abondante.
J. Oksanen est un très bon spécialiste et a écrit quelques articles très important comme :
Oksanen, J. 1987. Problems of joint display of species and site scores in correspondence analysis. Vegetatio 72:51-57.
Oksanen, J. 1988. A note on the occasional instability of detrending in correspondence analysis. Vegetatio 74:29-32.
Oksanen, J., and P. R. Minchin. 1997. Instability of ordination results under changes in input data order: explanations and remedies. Journal of Vegetation Science 8:447-454.
Pour faire une cca classique je ferais entièrement confiance à ce package. Il dit lui-même :
See Also: Functions 'CAIV' (library 'CoCoAn') and 'cca' (library 'ade4') provide an alternative implementations of CCA (these are internally quite different).
Dans ade4 il n'y a pas de cca partielle et nous n'essaierons pas de faire ce qui est bien fait ailleurs.
La question est "pouvez-vous me donner quelques explications quant à son utilisation ?"
La réponse est "L'utilisation pertinente de la CCA est un problème difficile !"
Il faut bien comprendre ce qu'est une AFC, une régression multiple, des effets partiels, ...
Dans les exemples de cca dans vegan on trouve :
## Common but bad way: use all variables you happen to have in your
## environmental data matrix
C'est dire clairement qu'il y a des problèmes ! Parmi les centaines d'articles qui utilisent cette méthode, il est certain qu'une bonne partie contient des bêtises.
Pour dire qu'on ne résout pas ce problème dans un mail.
Bon courage.
>
Daniel Chessel - chessel@biomserv.univ-lyon1.fr
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