Cher Collègue,
Je suis enseignant d'écologie, et j'enseigne les "biostats" (plus
exactement des éléments d'écologie numérique ) aux étudiants mentionnés,
dès le 1er cycle et jusqu'en Master (orientation écologie - environnement).
Très clairement il s'agit d'un enseignement de biostats en tant qu'outil
(et non de biostatistiques per se). Nous avons maintenant assuré la
cohérence verticale de l'ensemble. R est introduit comme language de
référence et j'ai grand plaisir (et surprise) d'en voir beaucoup mordre à
cet outil, travailler avec à la maison (c'est de l'opensource)...
Je comprends tout à fait votre argumentaire pour avoir commencé avec ADE
classique. Mais le module dans R est en fait nettement plus direct à
utiliser que cette interface. J'ai été surpris de voir que nos étudiants
qui renâclaient à cause des formats de fichiers, étiquettes, etc...
spécifiques à l'ancienne interface, se lancent sans réserve dans le module
R, qui leur offre aussi d'infinies autres possibilités.
J'ai donc l'impression que R non seulement permet d'incorporer toutes les
vertus d'ADE, mais est un bon prétexte à leur donner quelques notions de ce
qu'est un language déclaratif (puis de programmation pour ceux qui veulent
aller plus loin), dont le contrôle relatif paraît important pour les écolos
qui souhaitent soit garder un minimum de contrôle et de recul sur le
traitement spécifique de données soit avoir une bonne interface avec les
stasticiens/modélisateurs "professionnels".
Je me permets de joindre en copie un mail "privé" que j'avais envoyé à Jean
Thioulouse et Daniel Chessel suite au message auquel vous faites référence.
Il me semble aussi que l'environnement pédagogique qui entoure ADE, la
disponibilité des personnes qui le développe, les fructueuses discussions
sur la liste (au delà de certains aspects techniques bien nécessaires, le
meilleur est atteint avec les réflexions méthodologiques, voire
épistémologiques qu'elles entraînent) est une des raisons importantes de
son succès.
Ceci-dit rien n'enmpêche effectivement de rendre disponible la version
classique dans sa forme de développement la plus actualisée. Mais ca doit
être un boulot très dur que de continuer à développer parralèlement une
version sous deux plates-formes.
Bien cordialement,
Patrick Giraudoux
Université de Franche-Comté
Laboratoire de Biologie environnementale
EA3184 usc INRA
F-25030 Besançon Cedex
tél.: +33 381 665 745
fax.: +33 381 665 797
http://lbe.univ-fcomte.fr
>Date: Fri, 07 Jan 2005 07:11:01 +0100
>To: Jean Thioulouse <jthioulouse@biomserv.univ-lyon1.fr>,
>chessel@biomserv.univ-lyon1.fr
>From: Patrick Giraudoux H <patrick.giraudoux@univ-fcomte.fr>
>Subject: Re: Classic ADE4
>
>Chers Collègues,
>
>Ce message fait tout drôle en signant la fin d'une période (et bien sûr le
>début d'une nouvelle). Je souhaite à cette occasion vous exprimer toute ma
>gratitude et celle de nombreux collègues pour l'extraordinaire travail qui
>a été fait (et est toujours fait) avec ADE4. Avec son environnement
>pédagogique et la "mailing list", il a constitué (et constitue encore)
>pour de très nombreux biologistes, non seulement un outil d'exploration
>des données (orienté recherche) mais aussi un outil de formation continue
>et de réflexion parfois épistémologique de premier plan.
>
>Longue vie donc non seulement à l'objet, mais aussi (et surtout?) à
>l'esprit qui l'entoure. Le teaching server, son inclusion dans R qui me
>semble fonctionner aussi dans cet esprit, apportent toute garantie.
>
>Bien cordialement à tous,
>
>Patrick Giraudoux
A 10:02 07/01/2005 +0100, Nicolas Degallier a écrit :
>Bonjour,
>
>Jean Thioulouse termine son message du 6 janvier annonçant la "fin" de
>ADE4 "classique" par la sentence:
>
>"Bon courage a ceux qui feront le passage a R en 2005, et meilleurs voeux
>a tous."
>
>Simple biologiste (entomologiste) sans aversion particulière à
>l'informatique ou aux statistiques, j'ai déjà essayé de "passer à R" en
>2004 et j'ai découvert à regret qu'il s'agissait d'apprendre un nouveau
>langage de programmation (comme Java, IDL, Matlab etc.), même si les
>fonctions d'analyse statistique étaient déjà disponibles sous forme de
>commandes. Ai-je "raté" l'installation d'une interface graphique
>conviviale sous R?
>L'interface que j'ai entrevue n'a rien à voir avec l'interface graphique
>de ADE4 classique. Cette dernière est particulièrement efficace pour
>stimuler (apprivoiser) les étudiants allergiques aux stats que l'on
>rencontre de plus en plus souvent en fin de 2e ou 3e cycle d'études en
>biologie.
>Je pense donc qu'il s'agit de deux choses distinctes et complémentaires et
>que même si la décision de ne plus modifier ADE4 classique est prise, cela
>ne l'empêchera pas de rester un outil extremement utile des points de vue
>didactique et pédagogique.
>
>Je milite donc pour la continuité de sa distribution sur le site comme
>outil gratuit de diffusion de la culture statistique multivariée. Il
>existe bien sur des logiciels commerciaux qui réalisent des analyses
>multivariées (StaView, SPSS, SAS, Statistica etc) mais quels sont les
>étudiants (étrangers ou français) qui vont les acheter pour analyser leurs
>données le temps d'un stage ou d'une thèse alors que leur avenir est si
>incertain dans la recherche?
>ADE4 permet de "gouter" à l'analyse de données sans gros investissement
>financier ou intellectuel. Ceux qui "accrochent" vraiment peuvent ensuite
>investir dans R pour se concocter des analyses plus personnalisées.
>
>Qu'en pensent les utilisateurs occasionnels ou les biologistes n'ayant ni
>l'envie ni le temps d'apprendre la programmation?
>
>Bien cordialement.
>
>Nicolas Degallier
>
>@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
>Nicolas DEGALLIER / IRD (UR 178/UMR 182)
>Laboratoire d'Océanographie et de Dynamique du Climat (LOCEAN)
>Tour 45-55, 4e étage, 4 place Jussieu
>75252 Paris Cedex 05
>France
>Tel: (33) 01 44 27 51 57
>Fax: (33) 01 43 27 38 05
><Nicolas.Degallier@ird.fr>
>home page: http://www.ird.org.br/arbovirosesdengue.htm
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