Bonjour à tous
J'ai un problème dans l'utilisation de la fonction taxo2phylog avec un
fichier de données. J'utilise un fichier représentant la classification sous
cronquist de 200 genres d'arbres de la forêt guyanaise. Je veux intégrer ce
fichier sous forme d'une phylogénie avant de l'utiliser dans des analyses de
DPCOA. L'intégration sous forme de data frame se passe sans problème, tout
comme le passage en objet de classe taxo. Au moment d'utiliser la fonctio
taxo2phylog j'obtiens le message d'erreur suivant :
Erreur dans newick2phylog.addtools(res) : la longueur de 'dimnames' [2]
n'est pas égale à l'étendue du tableau
Pourtant quand je regarde ce qu'il y a dans dimnames [2] : j'ai bien le nom
de toutes mes colonnes (incluant celle qui donne les en-tête de ligne).
>dimnames(cronquist) [2]
[[1]]
[1] "Famille" "Ordre" "Sousclasse" "Classe" "Encore.haut"
Quand je lui demande la longueur de ça j'obtiens 1 comme réponse. Est-ce
normal??
J'ai utilisé la séquence de fonctions suivante
cronquist <- read.table("cronquist.txt", h = T, row.names = 6)
cronquist <- as.taxo(cronquist[5:1])
cro.phy <- taxo2phylog(cronquist)
J'avais déjà utilisé cette séquence sur des tableaux un peu plus petits
(mais générés pareils, à partir d'un tableur excel) sans avoir aucun
problème.
Est-ce que quelqu'un peut m'aider?
Merci beaucoup
Cordialement
Christophe Girod
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