Ce TP a pour objet de vous permettre de maîtriser le processus complet de la
réalisation de phylogénies moléculaires, depuis
l'interrogation des banques de séquences jusqu'a la construction d'arbres
phylogénétiques. Pour ce faire, vous allez utiliser les ressources
du serveur Web du PBIL (Pôle
Bioinformatique Lyonnais). Le déroulement du TP suivra l'organisation
suivante :
Phylogénie du vivant en utilisant une concaténation
préalignée de séquences d'ARNr de la petite et de la grande
sous-unité du ribosome.
Une bactérie agée de 250 millions d'années ?
En utilisant un alignement de séquences d'ARNr 16S, refaites et
complétez les calculs publiés par Vreeland et al.
(2000).
En utilisant les séquences du gène pol chez HIV-1 et
HIV-2 ainsi que leurs homologues chez différents singes, reconstituez
l'histoire évolutive de ces deux virus.