TP de Bioinformatique E2M2

Cette page vous permet d'accéder aux différents exercices pratiques proposés dans le cadre de ce module. Par ailleurs, vous pouvez également récupérer les diapositives (format pdf) des cours à partir des liens figurant ci-dessous :

• Alignements et recherche de similarités.

• Phylogénie.

• Annotation des génomes.

Le TP proprement dit comprend cinq parties indépendantes :

1^ère partie : Phylogénies bactériennes

• Interrogations dans les banques de séquences.
• Recherche de similarités au moyen du logiciel BLAST. Récupération d'un ensemble de séquences homologues puis alignement de ces séquences.
• Construction d'une phylogénie au moyen de la séquence du gène de l'azurine.
• Exercice d'application sur une protéine provenant d'un micro-organisme à identifier.

2^ème partie : Étude de l'insuline des vertébrés

• Récupération d'informations sur la séquence de l'insuline humaine.
• Recherche d'homologues chez les vertébrés au moyen de BLAST et alignement de ces séquences.
• Construction d'une phylogénie au moyen du gène de l'insuline.

3^ème partie : Étude de différentes phylogénies

• Phylogénie du vivant en utilisant une concaténation préalignée de séquences d'ARNr de la petite et de la grande sous-unité du ribosome.
• Une bactérie agée de 250 millions d'années ? En utilisant un alignement de séquences d'ARNr 16S, refaites et complétez les calculs publiés par Vreeland et al. (2000).
• En utilisant les séquences du gène pol chez HIV-1 et HIV-2 ainsi que leurs homologues chez différents singes, reconstituez l'histoire évolutive de ces deux virus.

4^ème partie : Recherche de similarités: méthodes avancées

5^ème partie : Prédiction de gènes dans une séquence génomique eucaryote