ALS n'est applicable que sur des séquences fortement homologues pour lesquelles il fournit un alignement rapide ("Pour voir"). L'absence de pondération des gaps conduit, dans le cas de séquences un peu distantes, à un nombre de gaps excessif par rapport à ce que l'on croit être les caractéristiques du processus évolutif d'une famille de gènes. Quand un résultat précis doit être obtenu, il faut utiliser les méthodes classiques (voir PBESTFIT implanté à LYON ET au CITI2) après un choix judicieux des différentes pondérations.
Les deux séquences à aligner sont placées dans SD1 (commande DEF) et dans SD2 (commande 2DE)
La machine demande :
Numéro du 1er nucl.ou A.A. pour seq1 puis seq2 dans l'édition?
Ceci permet de contrôler la numérotation des séquences. On répond les numéros des débuts de chaque séquence séparés par une virgule.
Point d'homologie approximatif connu ? (OUI/NON).
Indiquer si l'on connaît a priori un point dans chaque séquence homologue.
Si réponse OUI Positions du point dans seq1 et seq2 ?
(Numérotation de l'édition). Indiquer les coordonnées du point homologue dans les 2 séquences.
Valeur maxi du décalage par rapport à ce point ?
Ceci permet de limiter les décalages par rapport au point homologue qui seront envisagés par le programme dans sa recherche de régions homologues. Le programme est donc plus rapide et plus exact.
Longueur mini.des segments ?
C'est la longueur minimale de 2 régions identiques dans les séquences que le programme est autorisé à retenir dans sa recherche d'homologie. Valeurs conseillées:10 pour Acides Nucléiques, 5 pour Protéines
La séquence est affichée in extenso, seules les positions de la séquence 2 qui diffère des positions homologues de la séquence 1 sont écrites. Les délétions sont indiquées par des tirets. L'alignement présente 50 positions par ligne sur l'écran et 100 sur l'imprimante.