RES

Carte de restriction.

CLEFS PERMISES :

/TOT,/LPT

OBJECTIF :

Recherche des sites de restriction (Enzymes)

MISE EN OEUVRE :

RES

Cette commande exige un fichier contenant le nom des enzymes et leur chaîne de caractères correspondante. Vous avez deux possibilités:

Soit vous utilisez le fichier dit fichier de Roberts contenant les enzymes commercialisées.
Soit vous constituez votre fichier personnel.

Un fichier d'enzymes se présente comme un F.T.P. Le fichier.IN contient le nom des enzymes dans lequel nous avons inclu le site de coupure, le fichier.SE celui des chaînes de caractères devant répondre aux caractéristiques suivantes:

nom	chaîne
ACCI GT*(AC)(TG)AC	GUAUAC/GUAGAC/GUCUAC/GUCGCA//

Chaque chaîne de caractères doit IMPERATIVEMENT se terminer par deux slashs.

Le fichier de ROBERTS est à votre disposition. Il s'appelle ENZYME.

Si vous voulez constituer votre propre fichier vous procèderez de la manière suivante:

Ouverture du fichier Enzyme en F.T.P.
Ouverture de votre F.T.A. avec l'option Acides nucléiques
Par la commande DEF vous définissez un nom d'enzyme
ar la commande INS vous l'insérez dans votre F.T.A.

Ayant ainsi déterminé votre fichier d'enzymes vous lancez la commande RES sur le fichier de séquences que vous souhaitez traiter. Cette commande ferme automatiquement le F.T.A si ce dernier était ouvert précédemment, car c'est le fichier contenant les enzymes qui est maintenant le F.T.A.

A la question ->votre séquence est linéaire ou circulaire ?

Dans le cas où cette dernière est circulaire vous devez donner l'origine de la séquence (réponse à la question: First map base )

A la question ->voulez-vous traiter tout le fichier ENZYME Y/N Vous avez deux possibilités

voulez-vous traiter tout le fichier ENZYME Y/N
1. Si la réponse est Y tout les enzymes du fichier seront traitées
2. Si la réponse est N vous devez rentrer le nom de votre enzyme et terminer par FIN. Vous pouvez donner le nom de l'enzyme sans son site de coupure.
Vous avez la possibilité de rechercher les sites de restriction sur une longueur déterminée de la séquence.

LECTURE DES RESULTATS :

Les résultats peuvent se présenter soit sous forme de tableaux soit sous forme de cartes, à votre choix:

Sortie sous forme de tableau:

Séquence circulaire

STRINGS POSITION LENGTH ASCEND LENGTH

BASES MAP BASES MAP

ALUI AG*CT

AGCU 728 0.826 728 0.827 5 0.006

AGCU 808 0.917 80 0.091 80 0.091

AGCU 813 0.923 5 0.006 728 0.827

Séquence linéaire

STRINGS POSITION LENGTH ASCEND LENGTH

BASES MAP BASES MAP

ALUI AG*CT

AGCU 728 0.826 795 0.903 5 0.006

AGCU 808 0.917 80 0.091 80 0.091

AGCU 813 0.923 5 0.006 795 0.903

Sortie sous forme de cartes

Une ligne représente NB nucléotides

Donnez la valeur de NB

Ayant donné la valeur 2 à Nb, chaque tiret représente 2 bases

GALLUS/OVOMUC/ LONGUEUR 880

20 40 60 80 100

120 140 160 80 200

220 240 260 280 300

320 340 360 380 400

420 400 460 480 500

520 540 560 580 600

620 640 660 680 700

ALUI AG*CT ---*--------- ---------- ---------- *--* ---------------

820 840 860 880

ALUI AG*CT ---*--*-------- --------- ---------- ---------------------