SIM

Simulation de séquences

CLEFS PERMISES :

AUCUNE

OBJECTIF :

A partir d'une séquence réelle d'acides nucléiques créer des séquences "au hasard".

MISE EN OEUVRE :

SIM

Il faut IMPERATIVEMENT avoir ouvert un fichier de travail auxiliaire avant de lancer la commande SIM, c'est dans ce F.T.A. que seront écrites les séquences simulées. De même, il faut avoir défini une séquence qui servira de point de départ à la détermination des séquences "au hasard". Vous avez à votre disposition "3 hasards" différents:

  1. Permutation des bases ( correspondant au modèle de SNP ou au modèle 1 de BAS )

  2. Permutation des codons ( correspondant au modèle de COU ).

  3. Permutation des codons avec la conservation de la protéine.

Il faut donner au programme un nombre entier impair et grand pour initialiser le programme de nombres au hasard. Le programme de génération de nombre pseudo-aléatoires utilise la méthode congruentielle suivante :

I(n)=69069 *I(n-1) + 1 (MOD 4294967296)

X(n)=I(n)/2 **32
(voir implantation pour changement éventuel de cette méthode dans votre implantation )

ECRITURE DES RESULTATS :

Les séquences simulées sont écrites dans le F.T.A. avec les noms SIM1, SIM2. En prenant le F.T.A. comme F.T.P on peut ensuite leur faire subir les traitements désirés.