bpp-phyl3
3.0.0
|
#include <Bpp/Phyl/Likelihood/DataFlow/ExtendedFloatEigen.h>
Classes | |
class | OwnedExtendedFloat |
Public Types | |
using | Scalar = ExtendedFloat |
using | RealScalar = double |
Public Member Functions | |
ExtendedFloatEigen (void) | |
ExtendedFloatEigen (Eigen::DenseBase< MatType > &mat, ExtType exp=0) | |
ExtendedFloatEigen (MatType &mat, ExtType exp=0) | |
ExtendedFloatEigen (const Eigen::DenseBase< MatType > &mat, ExtType exp=0) | |
ExtendedFloatEigen (const Eigen::internal::traits< MatType > &mat, ExtType exp=0) | |
template<class Other > | |
ExtendedFloatEigen (const ExtendedFloatEigenBase< Other > &other) | |
ExtendedFloatEigen (const ExtendedFloatEigen &other) | |
ExtendedFloatEigen (const MatType &mat, ExtType exp=0) | |
ExtendedFloatEigen (int rows, int cols) | |
ExtendedFloatEigen (int cols) | |
virtual | ~ExtendedFloatEigen () |
ExtendedFloatEigen & | operator= (const ExtendedFloatEigen &other) |
ExtendedFloatEigen & | operator= (const MatType &other) |
template<typename Derived > | |
Self & | operator= (const ExtendedFloatEigenBase< Derived > &other) |
virtual const ExtType & | exponent_part () const |
virtual const MatType & | float_part () const |
virtual ExtType & | exponent_part () |
virtual MatType & | float_part () |
bool | normalize_big () noexcept |
bool | normalize_small () |
void | normalize () noexcept |
template<typename T > | |
std::enable_if< std::is_same< T, Self >::value||std::is_same< T, ExtendedFloat >::value||std::is_floating_point< T >::value||std::is_integral< T >::value, Self >::type | operator+ (const T &rhs) const |
template<template< int R2=R, int C2=C > class EigenType2> | |
Self | operator+ (const ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType2 > &rhs) const |
template<typename T > | |
std::enable_if< std::is_same< T, Self >::value||std::is_same< T, ExtendedFloat >::value||std::is_floating_point< T >::value||std::is_integral< T >::value, Self >::type | operator- (const T &rhs) const |
template<int R2 = C, int C2, template< int R3=R2, int C3=C2 > class EigenType2> | |
ExtendedFloatEigen< R, C2, EigenType > | operator* (const ExtendedFloatEigen< R2, C2, EigenType2 > &rhs) const |
template<typename Derived > | |
Self | operator* (const Eigen::EigenBase< Derived > &rhs) const |
template<typename T > | |
std::enable_if< std::is_floating_point< T >::value||std::is_integral< T >::value||std::is_same< T, ExtendedFloat >::value, Self >::type | operator* (const T &fact) const |
template<typename T > | |
std::enable_if< std::is_floating_point< T >::value||std::is_integral< T >::value||std::is_same< T, ExtendedFloat >::value, Self >::type | operator/ (const T &fact) const |
template<typename Derived > | |
Self | operator/ (const ExtendedFloatEigenBase< Derived > &rhs) const |
template<typename Derived > | |
ExtendedFloat | dot (const ExtendedFloatEigenBase< Derived > &rhs) const |
template<typename Derived > | |
ExtendedFloat | dot (const Eigen::DenseBase< Derived > &rhs) const |
template<typename Obj > | |
ExtendedFloat | dot (const Eigen::Ref< Obj > &rhs) const |
Self | operator- () const |
Self | eval () const |
template<typename T > | |
std::enable_if< std::is_same< T, Self >::value||std::is_same< T, ExtendedFloat >::value, Self & >::type | operator*= (const T &rhs) |
template<typename T > | |
std::enable_if< std::is_floating_point< T >::value||std::is_integral< T >::value, Self & >::type | operator*= (const T &div) |
template<typename Derived > | |
Self & | operator*= (const Eigen::DenseBase< Derived > &div) |
template<typename Derived > | |
Self & | operator*= (const ExtendedFloatEigenBase< Derived > &div) |
template<typename T > | |
std::enable_if< std::is_same< T, Self >::value||std::is_same< T, ExtendedFloat >::value, Self & >::type | operator/= (const T &rhs) |
template<typename T > | |
std::enable_if< std::is_floating_point< T >::value||std::is_integral< T >::value, Self & >::type | operator/= (const T &div) |
template<typename T > | |
std::enable_if< std::is_base_of< ExtendedFloatEigenCore, T >::value||std::is_same< T, ExtendedFloat >::value, Self & >::type | operator+= (const T &rhs) |
template<typename T > | |
std::enable_if< std::is_floating_point< T >::value||std::is_integral< T >::value, Self & >::type | operator+= (const T &rhs) |
template<typename T > | |
std::enable_if< std::is_same< T, Self >::value||std::is_same< T, ExtendedFloat >::value, Self & >::type | operator-= (const T &rhs) |
template<typename T > | |
std::enable_if< std::is_floating_point< T >::value||std::is_integral< T >::value, Self & >::type | operator-= (const T &rhs) |
Self | log () const |
Self | exp () const |
bool | operator== (const Self &rhs) const |
bool | operator!= (const Self &rhs) const |
void | fill (double val) |
Eigen::Index | cols () const |
Eigen::Index | rows () const |
ExtendedFloatVectorwiseOp< Self, MatType, Eigen::Vertical > | colwise () |
ExtendedFloatVectorwiseOp< const Self, const MatType, Eigen::Vertical > | colwise () const |
template<typename M = MatType> | |
std::enable_if< std::is_same< M, EFMatrix< R, C > >::value, ExtendedFloatCol< R, C, EigenType > >::type | col (Eigen::Index pos) |
ExtendedFloatEigen< R, 1, EigenType > | col (Eigen::Index col) const |
template<typename M = MatType> | |
std::enable_if< std::is_same< M, EFMatrix< R, C > >::value, ExtendedFloatRow< R, C, EigenType > >::type | row (Eigen::Index pos) |
ExtendedFloatVectorwiseOp< Self, MatType, Eigen::Horizontal > | rowwise () |
ExtendedFloatVectorwiseOp< const Self, const MatType, Eigen::Horizontal > | rowwise () const |
const ExtendedFloat & | operator() (Eigen::Index c) const |
const ExtendedFloat & | operator() (Eigen::Index r, Eigen::Index c) const |
template<typename M = MatType> | |
std::enable_if< std::is_same< M, EFArray< R, C > >::value, const ExtendedFloat & >::type | operator[] (Eigen::Index pos) const |
const ExtendedFloat & | sum () const |
const ExtendedFloat & | mean () const |
const ExtendedFloat & | maxCoeff (size_t *pos=0) const |
ExtendedFloatMatrix< C, R > | transpose () const |
void | resize (Eigen::Index rows, Eigen::Index cols) |
void | resize (Eigen::Index rows) |
Eigen::Index | size () const |
ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType > & | derived () |
const ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType > & | derived () const |
ExtendedFloatNoAlias< ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType > > | noalias () |
Static Public Member Functions | |
static Self | Zero (Eigen::Index rows, Eigen::Index cols) |
static Self | Zero (Eigen::Index rows) |
static Self | Ones (Eigen::Index rows, Eigen::Index cols) |
static Self | Ones (Eigen::Index rows) |
static Self | Identity (Eigen::Index rows) |
static Self | Constant (Eigen::Index rows, Eigen::Index cols, double value) |
static Self | Constant (Eigen::Index rows, Eigen::Index cols, const ExtendedFloat &value) |
static Self | Constant (Eigen::Index rows, double value) |
static Self | Constant (Eigen::Index rows, const ExtendedFloat &value) |
template<int R2, int C2> | |
static ExtendedFloatEigen< R, C2, EigenType > | denorm_mul (const Self &lhs, const ExtendedFloatEigen< R2, C2, EigenType > &rhs) |
template<typename Derived > | |
static Self | denorm_mul (const Self &lhs, const Eigen::EigenBase< Derived > &rhs) |
template<typename Derived > | |
static Self | denorm_mul (const Eigen::EigenBase< Derived > &lhs, const Self &rhs) |
template<typename T > | |
static std::enable_if< std::is_floating_point< T >::value||std::is_integral< T >::value, Self >::type | denorm_mul (const Self &lhs, const T &rhs) |
static Self | denorm_mul (const Self &lhs, const double &rhs) |
static Self | denorm_mul (const Self &lhs, const ExtendedFloat &rhs) |
template<typename T > | |
static std::enable_if< std::is_same< T, Self >::value||std::is_same< T, ExtendedFloat >::value, Self >::type | denorm_div (const Self &lhs, const T &rhs) |
template<typename Derived > | |
static Self | denorm_div (const Self &lhs, const ExtendedFloatEigenBase< Derived > &rhs) |
template<typename T > | |
static std::enable_if< std::is_floating_point< T >::value||std::is_integral< T >::value, Self >::type | denorm_add (const Self &lhs, const T &rhs) |
template<typename T > | |
static std::enable_if< std::is_same< T, Self >::value||std::is_same< T, ExtendedFloat >::value, Self >::type | denorm_add (const Self &lhs, const T &rhs) |
template<typename T > | |
static std::enable_if< std::is_same< T, Self >::value||std::is_same< T, ExtendedFloat >::value, Self >::type | denorm_sub (const Self &lhs, const T &rhs) |
template<typename T > | |
static std::enable_if< std::is_floating_point< T >::value||std::is_integral< T >::value, Self >::type | denorm_sub (const Self &lhs, const T &rhs) |
static Self | denorm_pow (const Self &arr, double exp) |
static Self | denorm_pow (const Self &arr, int exp) |
template<typename CustomNullaryOp > | |
static Self | NullaryExpr (Eigen::Index rows, Eigen::Index cols, const CustomNullaryOp &func) |
Protected Attributes | |
MatType | mat_ |
ExtType | exp_ |
OwnedExtendedFloat | EFtmp_ |
Private Types | |
using | ExtType = int |
using | MatType = EigenType< R, C > |
using | RefMatType = Eigen::Ref< EigenType< R, C > > |
using | Self = ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType > |
using | Base = ExtendedFloatEigenBase< Self > |
template<int R2, int C2> | |
using | ExtendedFloatMatrix = ExtendedFloatEigen< R2, C2, EFMatrix > |
template<int R2, int C2> | |
using | ExtendedFloatArray = ExtendedFloatEigen< R2, C2, EFArray > |
Private Attributes | |
ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType > & | der_ |
Friends | |
std::ostream & | operator<< (std::ostream &out, const Self &ef) |
Definition at line 67 of file ExtendedFloatEigen.h.
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private |
Definition at line 76 of file ExtendedFloatEigen.h.
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private |
Definition at line 82 of file ExtendedFloatEigen.h.
|
private |
Definition at line 79 of file ExtendedFloatEigen.h.
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private |
Definition at line 69 of file ExtendedFloatEigen.h.
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private |
Definition at line 70 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inherited |
Definition at line 30 of file ExtendedFloatEigen.h.
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private |
Definition at line 72 of file ExtendedFloatEigen.h.
|
inherited |
Definition at line 29 of file ExtendedFloatEigen.h.
|
private |
Definition at line 74 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inline |
Definition at line 119 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inline |
Definition at line 126 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inline |
Definition at line 134 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inline |
Definition at line 142 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inline |
Definition at line 150 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inline |
Definition at line 159 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inline |
Definition at line 165 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inline |
Definition at line 171 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inline |
Definition at line 179 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inline |
Definition at line 185 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inlinevirtual |
Definition at line 191 of file ExtendedFloatEigen.h.
|
inline |
Definition at line 766 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::col(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
|
inline |
Definition at line 761 of file ExtendedFloatEigen.h.
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::col(), and bpp::GivenDataSubstitutionProcessSiteSimulator::init().
|
inline |
Definition at line 733 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::Constant(), bpp::copyEigenToBpp(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_pow(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::NullaryExpr(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::Ones(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::resize(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::Zero().
|
inline |
Definition at line 749 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inline |
Definition at line 754 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inlinestatic |
Definition at line 235 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloat::exponent_part(), bpp::ExtendedFloat::float_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::rows().
|
inlinestatic |
Definition at line 230 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::rows().
|
inlinestatic |
Definition at line 225 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::cols(), bpp::ExtendedFloat::exponent_part(), bpp::ExtendedFloat::float_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::rows().
|
inlinestatic |
Definition at line 220 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::cols(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::rows().
Referenced by bpp::numeric::convert().
|
inlinestatic |
Definition at line 382 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), and bpp::ExtendedFloat::radix.
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator+().
|
inlinestatic |
Definition at line 391 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), and bpp::ExtendedFloat::radix.
|
inlinestatic |
Definition at line 375 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigenBase< Derived >::derived(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
|
inlinestatic |
Definition at line 369 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_pow(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator/().
|
inlinestatic |
Definition at line 345 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigenBase< Derived >::derived(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
|
inlinestatic |
Definition at line 357 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
|
inlinestatic |
Definition at line 339 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
|
inlinestatic |
Definition at line 362 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloat::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), and bpp::ExtendedFloat::float_part().
|
inlinestatic |
Definition at line 333 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_pow(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator*(), and bpp::operator*().
|
inlinestatic |
Definition at line 352 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
|
inlinestatic |
Definition at line 417 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exp(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), bpp::pow(), and bpp::ExtendedFloat::radix.
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_pow(), and bpp::pow().
|
inlinestatic |
Definition at line 425 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::cols(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_div(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_mul(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_pow(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exp(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::normalize(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::Ones(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::rows().
|
inlinestatic |
Definition at line 400 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), and bpp::ExtendedFloat::radix.
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator-().
|
inlinestatic |
Definition at line 410 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), and bpp::ExtendedFloat::radix.
|
inlineinherited |
Definition at line 35 of file ExtendedFloatEigen.h.
|
inlineinherited |
Definition at line 40 of file ExtendedFloatEigen.h.
|
inline |
Definition at line 529 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::dot(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
|
inline |
Definition at line 537 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::dot(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
|
inline |
Definition at line 521 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigenBase< Derived >::derived(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::dot().
|
inline |
Definition at line 549 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
|
inline |
Definition at line 689 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), bpp::ExtendedFloat::ln_radix, bpp::ExtendedFloat::lround(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::normalize(), bpp::pow(), and bpp::ExtendedFloat::radix.
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_pow(), bpp::exp(), and bpp::pow().
|
inlinevirtual |
Reimplemented in bpp::ExtendedFloatCol< R, C, EigenType >.
Definition at line 270 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exp_.
|
inlinevirtual |
Reimplemented in bpp::ExtendedFloatCol< R, C, EigenType >.
Definition at line 266 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exp_.
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::col(), bpp::numeric::convert(), bpp::copyBppToEigen(), bpp::numeric::cwise(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_add(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_div(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_mul(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_pow(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_sub(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::dot(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::eval(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exp(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::OwnedExtendedFloat::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatArrayWrapper< R, C >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::fill(), bpp::numeric::isIdentity(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::log(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::maxCoeff(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::mean(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator!=(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator()(), bpp::ExtendedFloatArrayWrapper< R, C >::operator*(), bpp::ExtendedFloatArrayWrapper< R, C >::operator*=(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator*=(), bpp::ExtendedFloatArrayWrapper< R, C >::operator+=(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator+=(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator-(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator-=(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator/=(), bpp::ExtendedFloatArrayWrapper< R, C >::operator=(), bpp::ExtendedFloatRow< R, C, EigenType >::operator=(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator==(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator[](), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::sum(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::transpose().
|
inline |
Definition at line 727 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
Referenced by bpp::ConstantTransitionFunction::ConstantTransitionFunction(), and bpp::copyBppToEigen().
|
inlinevirtual |
Reimplemented in bpp::ExtendedFloatCol< R, C, EigenType >.
Definition at line 272 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::mat_.
|
inlinevirtual |
Reimplemented in bpp::ExtendedFloatCol< R, C, EigenType >.
Definition at line 268 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::mat_.
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::col(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::cols(), bpp::numeric::convert(), bpp::copyBppToEigen(), bpp::numeric::cwise(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_add(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_div(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_mul(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_pow(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_sub(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::dot(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::eval(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exp(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::fill(), bpp::ExtendedFloatArrayWrapper< R, C >::float_part(), bpp::numeric::isIdentity(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::log(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::maxCoeff(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::mean(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::normalize_big(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::normalize_small(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator!=(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator()(), bpp::ExtendedFloatArrayWrapper< R, C >::operator*(), bpp::ExtendedFloatArrayWrapper< R, C >::operator*=(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator*=(), bpp::ExtendedFloatArrayWrapper< R, C >::operator+=(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator+=(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator-(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator-=(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator/=(), bpp::ExtendedFloatArrayWrapper< R, C >::operator=(), bpp::ExtendedFloatRow< R, C, EigenType >::operator=(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator==(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator[](), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::resize(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::rows(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::size(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::sum(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::transpose().
|
inlinestatic |
Definition at line 215 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::rows().
Referenced by bpp::numeric::identity().
|
inline |
Definition at line 684 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), and bpp::ExtendedFloat::ln_radix.
Referenced by bpp::log().
|
inline |
Definition at line 830 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::EFtmp_, bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::OwnedExtendedFloat::set_exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::OwnedExtendedFloat::set_float_part().
|
inline |
Definition at line 823 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::EFtmp_, bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::OwnedExtendedFloat::set_exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::OwnedExtendedFloat::set_float_part().
|
inlineinherited |
Definition at line 47 of file ExtendedFloatEigen.h.
|
inlinenoexcept |
Definition at line 323 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::normalize_big(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::normalize_small().
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_pow(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exp(), bpp::ExtendedFloatArrayWrapper< R, C >::operator*(), bpp::ExtendedFloatArrayWrapper< R, C >::operator*=(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator*=(), bpp::ExtendedFloatArrayWrapper< R, C >::operator+=(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator+=(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator-=(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator/=().
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inlinenoexcept |
Definition at line 276 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloat::biggest_normalized_radix_power, bpp::ExtendedFloat::biggest_normalized_value, bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exp_, bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), and bpp::ExtendedFloat::normalize_big_factor.
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::normalize().
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inline |
Definition at line 296 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloat::biggest_normalized_value, bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exp_, bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), bpp::ExtendedFloat::normalize_small_factor, bpp::ExtendedFloat::smallest_normalized_radix_power, and bpp::ExtendedFloat::smallest_normalized_value.
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::normalize().
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inlinestatic |
Definition at line 744 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::cols(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::rows().
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inlinestatic |
Definition at line 210 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::rows().
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inlinestatic |
Definition at line 205 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::cols(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::rows().
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_pow(), and bpp::numeric::one().
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inline |
Definition at line 718 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
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inline |
Definition at line 793 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::EFtmp_, bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::OwnedExtendedFloat::set_exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::OwnedExtendedFloat::set_float_part().
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inline |
Definition at line 800 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::EFtmp_, bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::OwnedExtendedFloat::set_exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::OwnedExtendedFloat::set_float_part().
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inline |
Definition at line 487 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_mul().
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inline |
Definition at line 478 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_mul().
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inline |
Definition at line 496 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_mul().
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inline |
Definition at line 579 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::normalize().
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inline |
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inline |
Definition at line 571 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::normalize().
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inline |
Definition at line 561 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::normalize().
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inline |
Definition at line 460 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_add().
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inline |
Definition at line 452 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_add().
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inline |
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inline |
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inline |
Definition at line 544 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
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inline |
Definition at line 470 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_sub().
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inline |
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inline |
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inline |
Definition at line 513 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_div().
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inline |
Definition at line 505 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_div().
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inline |
Definition at line 608 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
|
inline |
Definition at line 598 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::normalize().
|
inline |
Definition at line 242 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exp_, and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::mat_.
Referenced by bpp::ExtendedFloatArrayWrapper< R, C >::operator+=().
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inline |
Definition at line 257 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigenBase< Derived >::derived(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exp_, and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::mat_.
|
inline |
Definition at line 249 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exp_, and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::mat_.
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inline |
Definition at line 713 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
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inline |
Definition at line 809 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::EFtmp_, bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::OwnedExtendedFloat::set_exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::OwnedExtendedFloat::set_float_part().
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inline |
Definition at line 853 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::rows().
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inline |
Definition at line 848 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::cols(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::rows().
Referenced by bpp::copyBppToEigen().
|
inline |
Definition at line 773 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inline |
Definition at line 738 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::Constant(), bpp::copyEigenToBpp(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::denorm_pow(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::Identity(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::NullaryExpr(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::Ones(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::resize(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::Zero().
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inline |
Definition at line 778 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inline |
Definition at line 783 of file ExtendedFloatEigen.h.
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inline |
Definition at line 858 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
|
inline |
Definition at line 816 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::EFtmp_, bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::OwnedExtendedFloat::set_exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::OwnedExtendedFloat::set_float_part().
Referenced by bpp::ForwardHmmLikelihood_DF::compute(), bpp::ForwardHmmDLikelihood_DF::compute(), bpp::ForwardHmmD2Likelihood_DF::compute(), bpp::OneProcessSequencePhyloLikelihood::getPosteriorProbabilitiesPerSitePerClass(), bpp::SingleProcessPhyloLikelihood::getPosteriorProbabilitiesPerSitePerClass(), and bpp::GivenDataSubstitutionProcessSiteSimulator::init().
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inline |
Definition at line 843 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part().
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inlinestatic |
Definition at line 200 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::rows().
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inlinestatic |
Definition at line 195 of file ExtendedFloatEigen.h.
References bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::cols(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::rows().
Referenced by bpp::SubstitutionMappingTools::computeCounts(), bpp::SubstitutionMappingTools::computeNormalizations(), bpp::RewardMappingTools::computeRewardVectors(), and bpp::numeric::zero().
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friend |
Definition at line 866 of file ExtendedFloatEigen.h.
|
privateinherited |
Definition at line 26 of file ExtendedFloatEigen.h.
|
mutableprotected |
Definition at line 116 of file ExtendedFloatEigen.h.
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::maxCoeff(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::mean(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator()(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator[](), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::sum().
|
protected |
Definition at line 86 of file ExtendedFloatEigen.h.
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::exponent_part(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::normalize_big(), bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::normalize_small(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator=().
|
protected |
Definition at line 85 of file ExtendedFloatEigen.h.
Referenced by bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::float_part(), and bpp::ExtendedFloatEigen< R, C, EigenType >::operator=().