Re: test de permutation

From: Daniel Chessel (chessel@biomserv.univ-lyon1.fr)
Date: Sat Nov 25 2000 - 10:12:22 MET


Les questions de Vincent Ginot ne sont pas neutres :

>dans le cadre d'une ACP interclasse, admettons qu'un test
>de permutation donne globalement une valeur significative
>a une repartition non aleatoire des individus dans des groupes,
>en l'occurence des annees.
>
>Admettons maintenant que le plan factoriel suggere que les
>annees se regoupent elles-memes par "groupes", au sein desquels
>l'ordination parait moins claire, et on souhaite
>tester l'hypothese : au sein de ces sous-groupes les
>annees sont-elles organisees de maniere aleatoire ?
>
>Pour y repondre, est-il licite de couper le fichier .xxta
>selon ces grands groupes ( FilesUtil -> FileToKFile) puis de
>refaire le test de permutation sur chaque sous-groupe ?
>
>J'imagine que c'est une question classique...
>et on tombe sans doute dans la vaste question de la
>pertinence d'une partition (reste t'il des effets non
>aleatoires au sein des groupes ?). D'ailleurs s'il y a
>de bonnes references sur la question...
>
>Mais bon, c'est un test facile et simple a comprendre et
>pour ma part, j'aurais tendance a dire oui (mouillons nous
>un peu que diable !) si le calcul de l'inertie fait bien
>reference a la position du centre de gravite du sous-groupe ?
>Mais je ne connais pas le detail des calculs du test.

C'est un point fondamental de la statistique inférentielle : on ne peut pas
construire un test d'hypothŹse en voyant les données.
Cela revient ą faire le raisonnement suivant. Je tire un nombre au hasard
entre 0 et 100.

Je trouve 52. Je vais tester l'hypothŹse nulle "il est tiré au hasard"
contre l'alternative "il est prŹs du milieu"
Je trouve 97. Je vais tester l'hypothŹse nulle "il est tiré au hasard"
contre l'alternative "il est grand"
Je trouve 3. Je vais tester l'hypothŹse nulle "il est tiré au hasard"
contre l'alternative "il est petit"
Je trouve 28. Je vais tester l'hypothŹse nulle "il est tiré au hasard"
contre l'alternative "il est proche de 25"
...
L'hypothŹse nulle est toujours vraie et on déclarera qu'elle est toujours
fausse.

En testant l'homogénéité de sous-groupes en regardant leur proximité, on
fera l'inverse.
Dans un cas comme dans l'autre on invalide profondément les principes de la
statistique.
C'est ennuyeux.

>Autre question, le test calcul l'inertie en tenant compte
>de tous les axes. Serait-t'il possible de le decomposer
>axe par axe ? On se ficherait alors eperdument de la
>decomposition inter-intra de l'inertie pour se limiter
>a la question : sur tel axe tel groupement at'il une signification ?
>
>Ou bien fait-on vraiment n'importe quoi en permuttant a
>torts et a travers ?

Toute la vacherie de la question est dans le terme "signification".
Biological or Statistical Significance ? Bonjour ą Gilles.

Daniel Chessel
Universite Lyon 1 - Biométrie et Biologie Evolutive - BČt 741
69622 Villeurbanne CEDEX
Tel : 04 72 44 82 77 - (33) 4 72 44 82 77



This archive was generated by hypermail 2b30 : Mon Feb 12 2001 - 09:24:58 MET