La discussion ouverte par F. Spinazzi et M. Kinder peut appeler quelques commentaires.
La méthode dite de Bray-Curtis est difficile à définir exactement car elle a été modifiée de très nombreuses fois (Beals, E. W. (1984) Bray-Curtis ordination: an effective strategy for analysis of multivariate ecological data. Advances in Ecological Research : 14, 1-55 citent 13 citations et finit par etc p. 18).
La partie commune à toutes les variantes est de
1) calculer une matrice de distances entre relevés à partir de leur liste d'espèces
2)définir le premier axe de l'ordination par le couple de points présentant la plus grande distance
3) de projeter sur cet axe l'ensemble des points.
C'est ce qui est le plus clair dans l'article d'origine (Bray, J.R. & Curtis, J.T. (1957) An ordination of the upland forest communities of Southern Wisconsin. Ecological Monographs : 27, 4, 325-349.)
L'article de Beals est une critique sévère de la méthode (many have said or implied that BC ordination is a crude approximation to PCA p. 19) et est entièrement consacrée à toutes les méthodes d'ordination alternatives (dont PCA, COA et NMDS)
Aujourd'hui cette méthode est un point d'histoire. Je pense qu'un programme ne peut être utile que pour des discussions sur l'histoire des méthodes d'ordination. L'article de Bray et Curtis comme celui de Curtis, J.T. & McIntosh, R.P. (1951) An upland forest continuum in the prairie-forest border region of Wisconsin. Ecology : 32, 476-496 sont extraordinaires et ont fait la notoriété mondiale de l'école du Wisconsin, en particulier la représentation de la distribution des espèces par des cercles (Scatters : Values vient de là) sur la carte factorielle, le tracé des courbes de niveau à la main, le calcul des correlations entre les coordonnées et les variables de milieu, ... Ils ont défini l'essentiel de ce qu'on peut faire avec une méthode d'ordination, mais l'algorithme est maintenant dépassé pour une utilisation réelle.
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>As I told you some weeks ago, I'm writing a program for Bray Curtis
>Ordination.
>
>The main routines have been written....(in C).
>
>Here I ask if some one could help me with respect to some doubt I have on
>the method itself. Is there anybody who knows it quite well ?
>
>The I would like to know if there is anybody interested in testing the
>first release of the program (it will be released as soon as possible,
>within february I hope).
>
>I don't know so much about Bray-Curti ordination. All my work is based on:
>
>E.W. Beals, 1984, Bray-Curtis orination: an effective method for the
>analysis of multivariate data. Advances in ecological research, 14, 1-54.
>
>I really hope to have some feedback...
>
>Thank you all.
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>I am interested in testing the program of Federico Spinazzi dealing
>withBray-Curtis-Ordination. But I am more interested to know what
>Bray-Curtis ordination is. May you can send me a copy of the cited
>article of Beals 1984?
>
>We ourself apply clustering methods and multidimensional scaling (MDS)
>basing on the Bray-Curtis-Index. Curiously the Bray-Curtis-Index is used
>only in marine ecology. One reason for that is the work and the software
>PRIMER of Clarke and Warwick of Plymouth Marine Laboratory .
>(http://www.clues.abdn.ac.uk:8080/directory/Ecology/Ecology35.html), what
>is well known around the North Sea.
>One characteristic property of the Bray-Curtis-Index is, that joint
>absence has no effect on the resulting value. Further, for two zero
>samples that index is not defined.
>
>Greetings,
>
>Michael Kinder
>
>+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
>Michael Kinder
>Bundesanstalt f}r Gewaesserkunde, BfG
>(Federal Institut of Hydrology)
>Postfach 309
>D-56003 Koblenz
>Tel. +261/1306-5474
>Fax. +261/1306-5374
>kinder@koblenz.bfg.bund400.de
>www.bafg.de
>+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
Daniel Chessel
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