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Co-structure between two principal components analyses
We relate two tables (individual per variables) that contains quantitative data and we compare the resulting
co-structure with the structure of each table separately. ADE enables a permutation test inspired by the
inter-battery analysis of Tucker (1958, An inter-battery method of factor analysis. Psychometrika : 23, 2, 111-136)
also known as the first step of Partial Least Square regression (Höskuldsson, 1988 PLS regression methods.
Journal of Chemometrics : 2, 211-228). 19 pages.
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Profils écologiques et analyse de co-inertie
La fiche illustre les calculs de profils écologiques et l'exacte similitude entre AFC des profils écologiques
(Romane, 1972, Un exemple d'utilisation de l'analyse factorielle des correspondances en écologie végétale. In :
Grundfagen und Methoden in der Pflanzensoziologie. Maarel, E. van der & Tüxen, R. (Eds.) Dr. W. Junk b.v.,
The Hague. pp. 155-162.) et analyse de co-inertie d'un tableau de variables environnementales qualitatives
et d'un tableau de végétation en présence-absence. Cette notion est étendue à des données de végétation
quantitatives. La co-structure entre une AFC et une ACM est alors la version complète de l'AFC des tableaux
de profils écologiques. L'illustration proposée est celle de Mercier et al. (1992, Complete correspondence
analysis of an ecological profile data table: a central ordination method. Acta ‘cologica : 13, 25-44).
28 pages.
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Couplage d'analyses des correspondances sur codages flous
La fiche "Fuzzy correspondence analysis" décrivait les programmes abordant les tableaux de distributions de notes
associant individus et variables qualitatives. On fait ici l'analyse de co-inertie de deux tableaux de ce type.
L'exemple est tiré de Chevenet et al. (1994, A fuzzy coding approach for the analysis of long-term ecological
data. Freshwater Biology : 31, 295-309). 20 pages.
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Triplet d'analyses des correspondances
La fiche décrit une procédure d'analyse à trois tableaux utilisant un tableau d'AFC comme lien entre deux tableaux
quelconques. Cette analyse est appelée analyse RLQ (R pour tableau en mode R, Q pour tableau en mode Q, et L tableau
du lien) est basée sur les propriétés d'optimisation de la corrélation lignes-colonnes en AFC. Dans l'exemple traité
les tableaux R et Q sont des tableaux de variables qualitatives et constituent donc un cas particulier (Dolédec, S.,
Chessel, D., Ter Braak, C.J.F. & Champely, S. (1996) Matching species traits to environmental variables: a new
three-table ordination method. Environmental and Ecological Statistics : 3, 143-166). 64 pages.
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Comparaison de deux tableaux homogènes de tests de toxicité
La fiche porte sur la description des tableaux homogènes quantitatifs, en particulier de leur centrage. Le centrage
multiplicatif est le plus adapté pour des tableaux homogènes de tests de toxicité. On illustre une analyse de co-inertie
entre deux ACP avec un centrage multiplicatif commun aux deux tableaux. On met en évidence, au delà de la similitude
apparente, une différence de fond entre résultats de tests in vivo et in vitro, différence systématique exprimée par
le biais d'une analyse de co-structure. 22 pages.
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Avant-après, amont-aval : les couples de tableaux totalement appariés
La fiche décrit les méthodes d'analyse des couples de tableaux complètement appariés (mêmes individus, mêmes variables).
L'analyse de co-inertie prend dans cette situation des propriétés très particulière (Torre, F. & Chessel, D. (1994)
Co-structure de deux tableaux totalement appariés. Revue de Statistique Appliquée : 43, 109-121). Elle est complétée
par une analyse des différences enrichie de nouvelles aides à l'interprétation. Des couples de tableaux de mesures
acquises sur deux stations (Carrel, G. & Berget, J.C. , 1995. Suivi hydrobiologique du Rhône. Site de Cruas-Meysse
(1982-1995). Cemagref Aix-en-Provence, Rapport à EDF, 1-44 + annexes.) ou à deux dates (Vespini, F., Légier, P. &
Champeau, A. (1987) Ecologie d'une rivière non aménagée des Alpes du Sud : Le Buëch (France) I Evolution longitudinale
des descripteurs physiques et chimiques. Annales de Limnologie : 23, 151-164) illustrent ces propositions. 19 pages.
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Niches écologiques et couplages de tableaux
La fiche décrit une méthode d'ordination et deux méthodes de couplage basées sur la notion de marginalité des niches
écologiques (Hausser, J., 1995, Säugetiere der Schweiz. Mammifères de la Suisse. Mammiferi della Svizzera. Birkhäuser
Verlag, Basel, Boston, Berlin. 501 p.). Voisines de l'analyse des correspondances et de l'Analyse Canonique des
correspondances, ces procédures s'en éloignent fortement en cas de facteurs écologiques limitant (pollution, salinité)
ou favorisant (météorologie) l'abondance d'un groupe important de taxons. Le module Niche permet d'exécuter ces
propositions. 33 pages.
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Individus et informations supplémentaires
La fiche décrit l'usage des individus supplémentaires dans des circonstances variées. En particulier, cette pratique est
étendue aux analyses inter et intra-classes et aux analyses de co-inertie. Une illustration porte sur l'analyse de
co-inertie de deux analyses inter-classes. On distingue ce qui relève directement de la projection euclidienne de
vecteurs quelconques sur des plans principaux de ce qui touche à l'illustration des plans factoriels par de l'information
externe aux tableaux de données. 24 pages.
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Analyses canoniques et listes d'occurrences d'espèces
La fiche précise la perturbation théorique introduite par le traitement des listes d'occurrences
dans l'ensemble des méthodes linéaires d'analyse des données écologiques. Les méthodes
d'analyses canoniques comme l'AFC, l'analyse canonique des correspondances et l'analyse
canonique classique jouent un rôle central dans ce domaine. Les liens entre ces techniques et
les méthodes dites à variables instrumentales sont abordés. Une révision globale de la place
de l'analyse canonique en écologie semble nécessaire.
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Quand l'analyse canonique des correspondances est-elle une analyse canonique ?
La fiche montre comment l'analyse canonique des correspondances est une analyse
canonique quand on confronte une liste d'occurrences d'espèces avec un tableau de variables
environnementales portant sur ces occurrences. Cela modifie sensiblement les conditions
d'utilisation de la méthode quand elle est employée, comme c'est le cas général, sur des
tableaux relevés-espèces.
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