Applications des mathématiques et de l'informatique à la génomique : structure des génomes bactériens

Ce cours est donné aux étudiants en cursus 4BIM (4ème année de bioinformatique) à l'INSA de Lyon. C'est un cours qui est destiné à donner aux étudiants des connaissances avancées concernant la génomique; la partie présentée ici ne concerne que les génomes bactériens, le cours sur les génomes eucaryotes étant assuré par Céline Brochier-Armanet (anciennement par Laurent Duret). De plus, ce cours se veut un terrain d'application pour les cours d'analyse de données sous R que ces étudiants ont suivi : à de nombreuses reprises, ce sont les étudiants eux-mêmes qui retrouvent des résultats connus en analysant des jeux de données particuliers, eux aussi disponibles sur cette page.
Ce cours est très fortement inspiré de celui donné avant moi par Jean Lobry, que je remercie pour ses notes.


Les données nécessaires pour répondre aux questions posées dans le cours sont ici.

Également un peu de bibliographie relative au cours, avec en particulier plusieurs des articles desquels sont extraites les figures, .