- p -

• PairedSiteLikelihoods() : bpp::PairedSiteLikelihoods
• parameter() : bpp::LegacyOptimizationTools::ScaleFunction
• parametrizablePhyloTree() : bpp::AbstractAutonomousSubstitutionProcess
• ParametrizablePhyloTree() : bpp::ParametrizablePhyloTree
• parametrizablePhyloTree() : bpp::SubstitutionProcessCollectionMember, bpp::SubstitutionProcessInterface
• parenthesisToNode() : bpp::ExtendedNewick, bpp::Newick, bpp::Nhx, bpp::TreeTemplateTools
• parenthesisToPhyloDAG() : bpp::ExtendedNewick
• parenthesisToPhyloTree() : bpp::Newick, bpp::Nhx
• parenthesisToTree() : bpp::Nhx, bpp::TreeTemplateTools
• PartitionProcessPhyloLikelihood() : bpp::PartitionProcessPhyloLikelihood
• PartitionSequenceEvolution() : bpp::PartitionSequenceEvolution
• PathNode() : bpp::ModelPath::PathNode
• pattern_functor() : bpp::CWisePattern< R >::pattern_functor
• PGMA() : bpp::PGMA
• PhyloBranch() : bpp::PhyloBranch
• PhyloBranchException() : bpp::PhyloBranchException
• PhyloBranchMapping() : bpp::PhyloBranchMapping
• PhyloBranchNotFoundException() : bpp::PhyloBranchNotFoundException
• PhyloBranchParam() : bpp::PhyloBranchParam
• PhyloBranchPException() : bpp::PhyloBranchPException
• PhyloBranchPropertyNotFoundException() : bpp::PhyloBranchPropertyNotFoundException
• PhyloBranchReward() : bpp::PhyloBranchReward
• PhyloDAG() : bpp::PhyloDAG
• PhylogeneticsApplicationTools() : bpp::PhylogeneticsApplicationTools
• PhylogramDrawBranchEvent() : bpp::PhylogramDrawBranchEvent
• PhylogramPlot() : bpp::PhylogramPlot
• PhyloLikelihoodContainer() : bpp::PhyloLikelihoodContainer
• PhyloLikelihoodFormula() : bpp::PhyloLikelihoodFormula
• PhyloLikelihoodInterface() : bpp::PhyloLikelihoodInterface
• PhyloNode() : bpp::PhyloNode
• PhyloNodeException() : bpp::PhyloNodeException
• PhyloNodeNotFoundException() : bpp::PhyloNodeNotFoundException
• PhyloNodePException() : bpp::PhyloNodePException
• PhyloNodePropertyNotFoundException() : bpp::PhyloNodePropertyNotFoundException
• PhyloStatistics() : bpp::PhyloStatistics
• PhyloSubstitutionMapping() : bpp::PhyloSubstitutionMapping
• PhyloTree() : bpp::PhyloTree
• PhyloTreeException() : bpp::PhyloTreeException
• PhyloTreeTools() : bpp::PhyloTreeTools
• Pij_t() : bpp::AbstractTotallyWrappedTransitionModel, bpp::AbstractTransitionModel, bpp::BinarySubstitutionModel, bpp::EquiprobableSubstitutionModel, bpp::F81, bpp::F84, bpp::HKY85, bpp::InMixedSubstitutionModel, bpp::JCnuc, bpp::JCprot, bpp::K80, bpp::MarkovModulatedSubstitutionModel, bpp::OneChangeRegisterTransitionModel, bpp::OneChangeTransitionModel, bpp::RE08, bpp::T92, bpp::TN93, bpp::TransitionModelInterface, bpp::TwoParameterBinarySubstitutionModel
• plot() : bpp::AbstractDendrogramPlot, bpp::TreeDrawing
• PNStopCondition() : bpp::PseudoNewtonOptimizer::PNStopCondition
• POMO() : bpp::POMO
• PostOrderTreeIterator() : bpp::PostOrderTreeIterator
• pow() : bpp::ExtendedFloat
• PreOrderTreeIterator() : bpp::PreOrderTreeIterator
• printAnalysisInformation() : bpp::PhylogeneticsApplicationTools
• printParameters() : bpp::LegacyPhylogeneticsApplicationTools, bpp::PhylogeneticsApplicationTools
• ProbabilisticRewardMapping() : bpp::ProbabilisticRewardMapping
• ProbabilisticSubstitutionMapping() : bpp::ProbabilisticSubstitutionMapping
• ProbabilitiesFromDiscreteDistribution() : bpp::ProbabilitiesFromDiscreteDistribution
• ProbabilitiesFromMixedModel() : bpp::ProbabilitiesFromMixedModel
• ProbabilityDAG() : bpp::ProbabilityDAG
• ProbabilityFromDiscreteDistribution() : bpp::ProbabilityFromDiscreteDistribution
• ProbabilityFromMixedModel() : bpp::ProbabilityFromMixedModel
• process() : bpp::DistanceEstimation
• ProcessComputationEdge() : bpp::ProcessComputationEdge
• ProcessComputationNode() : bpp::ProcessComputationNode
• ProcessComputationTree() : bpp::ProcessComputationTree
• processDistsInSubtree_() : bpp::TreeTemplateTools
• ProcessEdge() : bpp::ProcessEdge
• ProcessTree() : bpp::ProcessTree
• prodMatrixVector() : bpp::CoalaCore
• propertiesToParenthesis() : bpp::Nhx
• Property() : bpp::Nhx::Property
• PropertyNotFoundException() : bpp::PropertyNotFoundException
• propertyToString_() : bpp::Nhx
• proteinFrequencySet() : bpp::FullPerAACodonFrequencySet
• proteinModel() : bpp::CodonSameAARateSubstitutionModel, bpp::DFP07
• pruneDAG() : bpp::PhyloDAG
• pruneTree() : bpp::PhyloTree
• PseudoNewtonOptimizer() : bpp::PseudoNewtonOptimizer