- g -
- gcContent()
: bpp::SequenceStatistics
- gcPolymorphism()
: bpp::SequenceStatistics
- GeneMapperCsvExport()
: bpp::GeneMapperCsvExport
- Genepop()
: bpp::Genepop
- generateLdContainer()
: bpp::SequenceStatistics
- Genetix()
: bpp::Genetix
- get3Prime()
: bpp::PolymorphismSequenceContainerTools
- get5Prime()
: bpp::PolymorphismSequenceContainerTools
- getAllele()
: bpp::GeneMapperCsvExport::Record
- getAlleleIndex()
: bpp::BiAlleleMonolocusGenotype
, bpp::MonoAlleleMonolocusGenotype
, bpp::MonolocusGenotypeInterface
, bpp::MultiAlleleMonolocusGenotype
- getAlleleInfoById()
: bpp::LocusInfo
- getAlleleInfoByKey()
: bpp::LocusInfo
- getAlleleInfoKey()
: bpp::LocusInfo
- getAllelesFis()
: bpp::MultilocusGenotypeStatistics
- getAllelesFit()
: bpp::MultilocusGenotypeStatistics
- getAllelesFrqForGroups()
: bpp::MultilocusGenotypeStatistics
- getAllelesFst()
: bpp::MultilocusGenotypeStatistics
- getAllelesFstats()
: bpp::MultilocusGenotypeStatistics
- getAllelesIdsForGroups()
: bpp::MultilocusGenotypeStatistics
- getAllelesMapForGroups()
: bpp::MultilocusGenotypeStatistics
- getAllGroupsIds()
: bpp::PolymorphismMultiGContainer
, bpp::PolymorphismSequenceContainer
- getAllGroupsNames()
: bpp::PolymorphismMultiGContainer
- getAlphabet()
: bpp::DataSet
, bpp::Group
- getAlphabetType()
: bpp::DataSet
- getCompleteSites()
: bpp::PolymorphismSequenceContainerTools
- getDataSeparator()
: bpp::PopgenlibIO
- getDataSeparatorChar()
: bpp::PopgenlibIO
- getDataType()
: bpp::IODataSet
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: bpp::Date
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: bpp::Date
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: bpp::MultilocusGenotypeStatistics
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: bpp::GeneMapperCsvExport::Record
- getFirstAlleleIndex()
: bpp::BiAlleleMonolocusGenotype
- getFormatDescription()
: bpp::DarwinDon
, bpp::DarwinVarSingle
, bpp::GeneMapperCsvExport
, bpp::Genepop
, bpp::Genetix
, bpp::PopgenlibIO
- getFormatName()
: bpp::DarwinDon
, bpp::DarwinVarSingle
, bpp::GeneMapperCsvExport
, bpp::Genepop
, bpp::Genetix
, bpp::PopgenlibIO
- getGenotype()
: bpp::Individual
- getGroupAtPosition()
: bpp::DataSet
- getGroupById()
: bpp::DataSet
- getGroupId()
: bpp::Group
, bpp::PolymorphismMultiGContainer
, bpp::PolymorphismSequenceContainer
- getGroupName()
: bpp::DataSet
, bpp::Group
, bpp::PolymorphismMultiGContainer
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: bpp::DataSet
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: bpp::PolymorphismMultiGContainer
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: bpp::Group
- getGroupSizeForSequence()
: bpp::Group
- getHeight()
: bpp::GeneMapperCsvExport::Allele
- getHeterozygousFrqForGroups()
: bpp::MultilocusGenotypeStatistics
- getHexpForGroups()
: bpp::MultilocusGenotypeStatistics
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: bpp::MultilocusGenotypeStatistics
- getHobsForGroups()
: bpp::MultilocusGenotypeStatistics
- getId()
: bpp::AlleleInfo
, bpp::BasicAlleleInfo
, bpp::Individual
- getIdentifier()
: bpp::AlleleNotFoundException
, bpp::BadIdentifierException
, bpp::GroupNotFoundException
, bpp::IndividualNotFoundException
, bpp::LocalityNotFoundException
, bpp::LocusNotFoundException
- getIndividualAtPosition()
: bpp::Group
- getIndividualAtPositionFromGroup()
: bpp::DataSet
- getIndividualById()
: bpp::Group
- getIndividualByIdFromGroup()
: bpp::DataSet
- getIndividualCoordAtPosition()
: bpp::Group
- getIndividualDateAtPosition()
: bpp::Group
- getIndividualLocalityAtPosition()
: bpp::Group
- getIndividualLocalityInGroup()
: bpp::DataSet
- getIndividualMonolocusGenotype()
: bpp::Group
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: bpp::DataSet
- getIndividualNumberOfSequences()
: bpp::Group
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: bpp::DataSet
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: bpp::Group
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: bpp::DataSet
- getIndividualSequenceAtPosition()
: bpp::Group
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: bpp::DataSet
- getIndividualSequenceByName()
: bpp::Group
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: bpp::DataSet
- getIndividualSequencePosition()
: bpp::Group
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: bpp::DataSet
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: bpp::Group
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: bpp::DataSet
- getIndividualSexAtPosition()
: bpp::Group
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: bpp::DataSet
- getIngroupSpeciesName()
: bpp::PolymorphismSequenceContainerTools
- getIntrons()
: bpp::PolymorphismSequenceContainerTools
- getLocality()
: bpp::Individual
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: bpp::DataSet
- getLocalityByName()
: bpp::DataSet
- getLocalityPosition()
: bpp::DataSet
- getLocusGroupSize()
: bpp::PolymorphismMultiGContainer
- getLocusInfoAtPosition()
: bpp::AnalyzedLoci
, bpp::DataSet
- getLocusInfoByName()
: bpp::AnalyzedLoci
, bpp::DataSet
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: bpp::AnalyzedLoci
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: bpp::GeneMapperCsvExport::Record
- getMaxNumberOfSequences()
: bpp::Group
- getMissingDataChar()
: bpp::PopgenlibIO
- getMissingDataSymbol()
: bpp::PopgenlibIO
- getMonolocusGenotype()
: bpp::Individual
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: bpp::Date
- getName()
: bpp::GeneMapperCsvExport::Allele
, bpp::Locality< T >
, bpp::LocusInfo
- getNonCodingSites()
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: bpp::PolymorphismSequenceContainerTools
- getNumberOfAllele()
: bpp::GeneMapperCsvExport::Record
- getNumberOfAlleles()
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, bpp::LocusInfo
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: bpp::PolymorphismSequenceContainerTools
- getNumberOfDerivedSingletons_()
: bpp::SequenceStatistics
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: bpp::DataSet
, bpp::PolymorphismMultiGContainer
, bpp::PolymorphismSequenceContainer
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: bpp::DataSet
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, bpp::DataSet
, bpp::PolymorphismMultiGContainer
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: bpp::SequenceStatistics
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: bpp::Individual
- getNumberOfSingletons_()
: bpp::SequenceStatistics
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- getPanel()
: bpp::GeneMapperCsvExport::Record
- getPeakArea()
: bpp::GeneMapperCsvExport::Allele
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: bpp::LocusInfo
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, bpp::DataSet
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: bpp::AnalyzedLoci
, bpp::DataSet
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: bpp::DataSet
- getRHMultilocusFst()
: bpp::MultilocusGenotypeStatistics
- getSampleFileName()
: bpp::GeneMapperCsvExport::Record
- getSampleName()
: bpp::GeneMapperCsvExport::Record
- getSecondAlleleIndex()
: bpp::BiAlleleMonolocusGenotype
- getSelectedSequences()
: bpp::PolymorphismSequenceContainerTools
- getSelectedSites()
: bpp::PolymorphismSequenceContainerTools
- getSequenceAlphabet()
: bpp::Individual
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: bpp::PolymorphismSequenceContainer
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- getSequencePosition()
: bpp::Individual
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: bpp::Individual
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: bpp::Individual
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- getSize()
: bpp::GeneMapperCsvExport::Allele
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: bpp::PolymorphismSequenceContainerTools
- getUD_()
: bpp::SequenceStatistics
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: bpp::SequenceStatistics
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: bpp::MultilocusGenotypeStatistics
- getX()
: bpp::Individual
- getY()
: bpp::Individual
- getYear()
: bpp::Date
- Group()
: bpp::Group
- groupExists()
: bpp::PolymorphismMultiGContainer
- GroupNotFoundException()
: bpp::GroupNotFoundException