CONCEPTS FONDAMENTAUX

1. Fichiers De Travail (F.T)

   Ce sont des fichiers de structure particulière qui contiennent les données sur lesquelles travaille ANALSEQ

   Un F.T peut contenir plusieurs séquences qui peuvent être des acides nucléiques ou des protéines, un F.T ne pouvant contenir que des séquences d'un seul type (pas de mélange acides nucléiques, protéines autorisé dans un même F.T .). Chaque séquence est caractérisée par un nom, et possède un code génétique choisi parmi les codes connus (c'est le code de l'organisme porteur ). Les séquences d'acides nucléiques ont de plus une phase de lecture (0,1 ou 2) qui n'a de sens que pour les parties codant les protéines.

   Un F.T. peut aussi contenir un sous ensemble constitué par un groupe de ses propres séquences. Nous l'appelerons : espace de travail F.T.P.E.

   A tout moment ANALSEQ connaît un fichier de travail dit fichier de travail principal (F.T.P) : le travail ne peut commencer tant que l'utilisateur n'a pas fourni le nom de ce fichier. Seules les séquences du F.T.P. peuvent être traitées, l'utilisateur peut cependant changer de F.T.P en cours de travail (commande CHB). L'utilisateur peut d'autre part ouvrir un deuxième fichier de travail dit fichier de travail auxiliaire (F.T.A.) dans lequel il peut insérer de nouvelles séquences (commandes INS, PRO, SIM, BLO, SIG).

2. Séquence Définie (SD1)

   L'utilisateur peut, à partir des séquences du (F.T.P.), définir SD1 une séquence dite "séquence définie" et notée SD1, sur laquelle il veut travailler. La SD1 peut être une des séquences du F.T.P. ou construite par combinaison quelconque des opérations d'extraction, de concaténation, de complémentation et d'inversion à partir d'une ou plusieurs séquences du F.T.P. La SD1 comme les séquences du fichier a un nom, un code génétique et, pour les séquences nucléiques, une phase. Toutes les fois que cela est possible elle hérite ces propriétés des séquences qui ont servi à sa construction, sinon leur valeur est demandée par le système. La séquence SD1 a une longueur quelconque. Cette longueur doit cependant être un entier ce qui peut être une limitation pour des ordinateurs 16 bits. La commande qui permet de définir SD1 est DEF.

3. Séquence Définie 2 (SD2)

   La commande 2DE, strictement identique pour l'utilisateur à DEF, permet de définir une deuxième séquence notée SD2. Cette séquence ne peut être utilisée que par les commandes la comparant à SD1 (ALS, COS ). Sa longueur maximale est limitée par le paramètre MAXI défini au moment de l'implantation du système.

4. Syntaxe D'une Commande

   Le dialogue avec le système est à 2 niveaux : quand la machine écrit % elle attend une commande. Une fois cette commande tapée, un dialogue propre à cette commande s'instaure le plus souvent sous forme de menus .

   Toutes les commandes ont au moins 3 lettres et peuvent toutes être abrégées à leurs 3 premières lettres. Il n'y a cependant pas, contrairement à ACNUC, de réelles abréviations des commandes : les lettres en plus des 3 premières sont simplement ignorées par la machine.L'emploi de majuscules ou de minuscules est indifférent.

   L'action d'une commande peut être modifiée par la présence de clefs qui sont :

   • /LPT->sortie dans un fichier analseq.out, si absente sortie sur terminal.

   • /TOT->toutes les séquences du fichier sont traitées les unes après les autres, si absente seule SD1 est traitée (sauf mention particulière à certaines commandes où le traitement d'une seule séquence n'a pas de sens)

   • /CUM->traitement global de toutes les séquences du fichier (statistiques cumulées par exemple.)

   Une ou plusieurs clefs peuvent suivre, dans un ordre quelconque, une commande.

   Exemple :

   		%COD/LPT/TOT/CUM
   
   
   Sortie dans un fichier analseq.out des fréquences des codons dans chacune des séquences du fichier puis sortie des fréquences moyennes des codons pour l'ensemble de ces séquences.
   
   

5. Etat Du Système

   Les caractéristiques de l'état du système sont :
   • Le nom et le type du F.T.P.

   • L'existence et si elle existe nom,code génétique, phase de SD1.

   • L'existence et si elle existe nom de SD2.

   • L'existence et si il existe nom et type de F.T.A .

   • L'existence et si il existe nom du F.T.P.E.

   Certaines commandes changent cet état, nous noterons ici les seuls changements, non explicitement demandés par l'utilisateur, qui peuvent se produire.

   Toute commande avec la clef  /TOT/ entraine la perte de SD1.
   
   
   Si la commande CHB qui permet de changer le F.T.P., 
   désigne comme nouveau F.T.P. le fichier ouvert en 
   F.T.A., ce fichier devient alors le F.T.P., mais le système
   ne connait plus de F.T.A (un même fichier ne peut être à 
   la fois F.T.P et F.T.A.)
   
   

6. Aide En Ligne

   Toute commande commençant par "?" est une demande d'aide en ligne. Ces demandes d'aide sont hiérarchisées sur 3 niveaux:
   1. %? -> description générale du programme, nom des sections regroupant les commandes.

   2. %?EDITION

      %?GESTION

      %?UTILITAIRES -> liste des commandes de la section

      %?DEFINITION -> avec un bref commentaire

   3. %?-> suivi du nom de la commande en 3 lettres:

      description complète de la commande.

      exemple : %?COD

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