Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- p -

• p_ : bpp::BinarySubstitutionModel
• P_ : bpp::CoalaCore
• p_ : bpp::EquiprobableSubstitutionModel, bpp::F81, bpp::F84, bpp::GTR, bpp::HKY85, bpp::JCnuc, bpp::JCprot, bpp::K80, bpp::RE08, bpp::T92, bpp::TN93, bpp::TwoParameterBinarySubstitutionModel
• pAAmodel_ : bpp::AbstractCodonAARateSubstitutionModel, bpp::CodonSameAARateSubstitutionModel
• PairedSiteLikelihoods() : bpp::PairedSiteLikelihoods
• param_ : bpp::Coala
• parameter() : bpp::LegacyOptimizationTools::ScaleFunction
• parameters : bpp::OptimizationTools::OptimizationOptions
• parameters_ : bpp::DistanceEstimation, bpp::NNITopologyListener2, bpp::NNITopologyListener
• parametrizablePhyloTree() : bpp::AbstractAutonomousSubstitutionProcess
• ParametrizablePhyloTree() : bpp::ParametrizablePhyloTree, bpp::PhyloBranchParam
• parametrizablePhyloTree() : bpp::SubstitutionProcessCollectionMember, bpp::SubstitutionProcessInterface
• params_ : bpp::PseudoNewtonOptimizer
• paramValues_ : bpp::CoalaCore, bpp::MvaFrequencySet
• parCondLik_ : bpp::ForwardHmmLikelihood_DF
• parenthesisToNode() : bpp::ExtendedNewick, bpp::Newick, bpp::Nhx, bpp::TreeTemplateTools
• parenthesisToPhyloDAG() : bpp::ExtendedNewick
• parenthesisToPhyloTree() : bpp::Newick, bpp::Nhx
• parenthesisToTree() : bpp::Nhx, bpp::TreeTemplateTools
• PARSIMONY_SOLUTION_STATE : bpp::DRTreeParsimonyScore
• parsimonyData_ : bpp::DRTreeParsimonyScore
• PartitionProcessPhyloLikelihood() : bpp::PartitionProcessPhyloLikelihood
• PartitionSequenceEvolution() : bpp::PartitionSequenceEvolution
• path_ : bpp::UserFrequencySet, bpp::UserProteinSubstitutionModel
• PathNode() : bpp::ModelPath::PathNode
• paths_ : bpp::SiteSimulationResult
• pattern_ : bpp::CWisePattern< R >::pattern_functor
• pattern_functor() : bpp::CWisePattern< R >::pattern_functor
• patternedSiteLikelihoods_ : bpp::AlignedLikelihoodCalculation
• patternLinks_ : bpp::DRASRTreeLikelihoodData
• pCodonModel_ : bpp::CodonSameAARateSubstitutionModel
• pdistance_ : bpp::AbstractCodonDistanceSubstitutionModel
• pfitness_ : bpp::POMO
• pfitset_ : bpp::AbstractCodonAAFitnessSubstitutionModel, bpp::AbstractCodonFitnessSubstitutionModel
• pFreq_ : bpp::CodonSameAARateSubstitutionModel, bpp::WordFromUniqueFrequencySet
• pfreqset_ : bpp::AbstractCodonFrequenciesSubstitutionModel
• pgc_ : bpp::CodonFromIndependentFrequencySet, bpp::CodonFromUniqueFrequencySet, bpp::FixedCodonFrequencySet, bpp::FullCodonFrequencySet, bpp::FullPerAACodonFrequencySet, bpp::UserCodonFrequencySet
• pgencode_ : bpp::AbstractCodonAAFitnessSubstitutionModel, bpp::AbstractCodonAARateSubstitutionModel, bpp::AbstractCodonBGCSubstitutionModel, bpp::AbstractCodonClusterAASubstitutionModel, bpp::AbstractCodonDistanceSubstitutionModel, bpp::AbstractCodonFitnessSubstitutionModel, bpp::CodonSameAARateSubstitutionModel
• PGMA() : bpp::PGMA
• phi_ : bpp::CodonSameAARateSubstitutionModel
• phylAlph_ : bpp::HmmPhyloEmissionProbabilities
• PhyloBranch() : bpp::PhyloBranch
• PhyloBranchException() : bpp::PhyloBranchException
• PhyloBranchMapping() : bpp::PhyloBranchMapping
• PhyloBranchNotFoundException() : bpp::PhyloBranchNotFoundException
• PhyloBranchParam() : bpp::PhyloBranchParam
• PhyloBranchPException() : bpp::PhyloBranchPException
• PhyloBranchPropertyNotFoundException() : bpp::PhyloBranchPropertyNotFoundException
• PhyloBranchReward() : bpp::PhyloBranchReward
• PhyloDAG() : bpp::PhyloDAG
• PhylogeneticsApplicationTools() : bpp::PhylogeneticsApplicationTools
• PhylogramDrawBranchEvent() : bpp::PhylogramDrawBranchEvent
• PhylogramPlot() : bpp::PhylogramPlot
• PhyloLikelihoodContainer() : bpp::PhyloLikelihoodContainer
• PhyloLikelihoodFormula() : bpp::PhyloLikelihoodFormula
• PhyloLikelihoodInterface() : bpp::PhyloLikelihoodInterface
• PhyloNode() : bpp::PhyloNode
• PhyloNodeException() : bpp::PhyloNodeException
• PhyloNodeNotFoundException() : bpp::PhyloNodeNotFoundException
• PhyloNodePException() : bpp::PhyloNodePException
• PhyloNodePropertyNotFoundException() : bpp::PhyloNodePropertyNotFoundException
• PhyloStatistics() : bpp::PhyloStatistics
• PhyloSubstitutionMapping() : bpp::PhyloSubstitutionMapping
• phyloTree : bpp::LikelihoodCalculationSingleProcess::RateCategoryTrees
• PhyloTree() : bpp::PhyloTree
• phyloTree_ : bpp::NonHomogeneousSequenceSimulator, bpp::SimpleSubstitutionProcessSiteSimulator
• PhyloTreeException() : bpp::PhyloTreeException
• PhyloTreeTools() : bpp::PhyloTreeTools
• PHYML : bpp::NNITopologySearch
• pi0_ : bpp::TwoParameterBinarySubstitutionModel
• Pi_ : bpp::MultinomialFromTransitionModel, bpp::TransitionFromTransitionModel
• piA_ : bpp::F81, bpp::F84, bpp::GTR, bpp::HKY85, bpp::SSR, bpp::T92, bpp::TN93
• piC_ : bpp::F81, bpp::F84, bpp::GTR, bpp::HKY85, bpp::SSR, bpp::T92, bpp::TN93
• piG_ : bpp::F81, bpp::F84, bpp::GTR, bpp::HKY85, bpp::SSR, bpp::T92, bpp::TN93
• pij_t : bpp::AbstractFromSubstitutionModelTransitionModel
• Pij_t() : bpp::AbstractTotallyWrappedTransitionModel, bpp::AbstractTransitionModel, bpp::BinarySubstitutionModel, bpp::EquiprobableSubstitutionModel, bpp::F81, bpp::F84, bpp::HKY85, bpp::InMixedSubstitutionModel, bpp::JCnuc, bpp::JCprot, bpp::K80, bpp::MarkovModulatedSubstitutionModel, bpp::MultinomialFromTransitionModel, bpp::OneChangeRegisterTransitionModel, bpp::OneChangeTransitionModel, bpp::RE08, bpp::T92, bpp::TN93, bpp::TransitionFromTransitionModel, bpp::TransitionModelInterface, bpp::TwoParameterBinarySubstitutionModel
• pijt_ : bpp::AbstractTransitionModel, bpp::MarkovModulatedSubstitutionModel
• piR_ : bpp::F81, bpp::F84, bpp::HKY85, bpp::TN93
• piT_ : bpp::F81, bpp::F84, bpp::GTR, bpp::HKY85, bpp::SSR, bpp::T92, bpp::TN93
• piY_ : bpp::F81, bpp::F84, bpp::HKY85, bpp::TN93
• plot() : bpp::AbstractDendrogramPlot, bpp::TreeDrawing
• pMod_ : bpp::ModelBranch
• pmodel_ : bpp::GY94, bpp::KCM, bpp::MG94, bpp::POMO, bpp::YN98, bpp::YpR
• PNStopCondition : bpp::PseudoNewtonOptimizer, bpp::PseudoNewtonOptimizer::PNStopCondition
• pointArea : bpp::TreeDrawingSettings
• pointSize : bpp::TreeDrawingSettings
• POMO() : bpp::POMO
• pOPSP_ : bpp::OneProcessSequenceSubstitutionMapping
• pos : bpp::ProcPos
• pos_ : bpp::GCPositionSubstitutionRegister, bpp::GivenDataSubstitutionProcessSiteSimulator, bpp::TreeDrawingNodeInfo
• posFreqSet_ : bpp::AbstractCodonPhaseFrequenciesSubstitutionModel
• positiveLengths_ : bpp::NeighborJoining
• PostOrderTreeIterator() : bpp::PostOrderTreeIterator
• pow() : bpp::ExtendedFloat
• power_ : bpp::UniformizationSubstitutionCount
• ppfs_ : bpp::FullPerAACodonFrequencySet
• pPhyloCont_ : bpp::AbstractPhyloLikelihoodSet
• pReg_ : bpp::AbstractSinglePhyloSubstitutionMapping
• preg_ : bpp::CompleteSubstitutionRegister
• PreOrderTreeIterator() : bpp::PreOrderTreeIterator
• previousPoint_ : bpp::PseudoNewtonOptimizer
• previousValue_ : bpp::PseudoNewtonOptimizer
• printAnalysisInformation() : bpp::PhylogeneticsApplicationTools
• printParameters() : bpp::LegacyPhylogeneticsApplicationTools, bpp::PhylogeneticsApplicationTools
• proba_ : bpp::MixedSubstitutionModelSet::HyperNode, bpp::ModelPath
• ProbabilisticRewardMapping() : bpp::ProbabilisticRewardMapping
• ProbabilisticSubstitutionMapping() : bpp::ProbabilisticSubstitutionMapping
• ProbabilitiesFromDiscreteDistribution() : bpp::ProbabilitiesFromDiscreteDistribution
• ProbabilitiesFromMixedModel() : bpp::ProbabilitiesFromMixedModel
• ProbabilityDAG : bpp::ForwardLikelihoodTree, bpp::ProbabilityDAG
• ProbabilityFromDiscreteDistribution() : bpp::ProbabilityFromDiscreteDistribution
• ProbabilityFromMixedModel() : bpp::ProbabilityFromMixedModel
• probas_ : bpp::DRHomogeneousMixedTreeLikelihood, bpp::RHomogeneousMixedTreeLikelihood
• process() : bpp::DistanceEstimation
• process_ : bpp::DistanceEstimation, bpp::LikelihoodCalculationSingleProcess, bpp::ProcessComputationTree, bpp::SimpleSubstitutionProcessSiteSimulator
• processColl_ : bpp::HmmProcessAlphabet, bpp::MultiProcessSequenceEvolution
• ProcessComputationEdge() : bpp::ProcessComputationEdge
• ProcessComputationNode() : bpp::ProcessComputationNode
• ProcessComputationTree() : bpp::ProcessComputationTree
• processDistsInSubtree_() : bpp::TreeTemplateTools
• ProcessEdge() : bpp::ProcessEdge
• processNodes_ : bpp::LikelihoodCalculationSingleProcess
• ProcessTree() : bpp::ProcessTree
• processTree_ : bpp::BackwardLikelihoodTree, bpp::ForwardLikelihoodTree
• prodMatrixVector() : bpp::CoalaCore
• profiler : bpp::OptimizationTools::OptimizationOptions
• profiler_ : bpp::NNITopologyListener2, bpp::NNITopologyListener
• properties_ : bpp::PhyloBranch, bpp::PhyloNode
• propertiesToParenthesis() : bpp::Nhx
• Property() : bpp::Nhx::Property
• PROPERTY_BOOTSTRAP_VALUES : bpp::BasicTreeDrawingDisplayControler
• PROPERTY_BRANCH_LENGTHS : bpp::BasicTreeDrawingDisplayControler
• PROPERTY_LEAF_NAMES : bpp::BasicTreeDrawingDisplayControler
• PROPERTY_NODE_IDS : bpp::BasicTreeDrawingDisplayControler
• propertyName_ : bpp::PhyloBranchPropertyNotFoundException, bpp::PhyloNodePropertyNotFoundException, bpp::PropertyNotFoundException
• PropertyNotFoundException() : bpp::PropertyNotFoundException
• propertyToString_() : bpp::Nhx
• proportion_ : bpp::LG10_EX_EHO::EmbeddedModel, bpp::LGL08_CAT::EmbeddedModel, bpp::LLG08_EHO::EmbeddedModel, bpp::LLG08_EX2::EmbeddedModel, bpp::LLG08_EX3::EmbeddedModel, bpp::LLG08_UL2::EmbeddedModel, bpp::LLG08_UL3::EmbeddedModel
• PROTEIN : bpp::BppOFrequencySetFormat, bpp::BppOSubstitutionModelFormat
• proteinFrequencySet() : bpp::FullPerAACodonFrequencySet
• proteinModel() : bpp::CodonSameAARateSubstitutionModel, bpp::DFP07
• protStateMap_ : bpp::AbstractCodonAAFitnessSubstitutionModel
• pruneDAG() : bpp::PhyloDAG
• pruneTree() : bpp::PhyloTree
• PseudoNewtonOptimizer() : bpp::PseudoNewtonOptimizer
• psites_ : bpp::LikelihoodCalculationSingleProcess
• pSPP_ : bpp::SingleProcessSubstitutionMapping
• pSubProColl_ : bpp::SubstitutionProcessCollectionMember
• pTree_ : bpp::AbstractAutonomousSubstitutionProcess
• pxy_ : bpp::AbstractHomogeneousTreeLikelihood, bpp::AbstractNonHomogeneousTreeLikelihood, bpp::BranchLikelihood