Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- a -

• a_ : bpp::GTR
• AAExteriorSubstitutionRegister() : bpp::AAExteriorSubstitutionRegister
• aaFitness() : bpp::AbstractCodonAAFitnessSubstitutionModel
• AAInteriorSubstitutionRegister() : bpp::AAInteriorSubstitutionRegister
• aaModel() : bpp::AbstractCodonAARateSubstitutionModel
• abs() : bpp::ExtendedFloat
• AbstractAgglomerativeDistanceMethod() : bpp::AbstractAgglomerativeDistanceMethod
• AbstractAlignedPhyloLikelihood() : bpp::AbstractAlignedPhyloLikelihood
• AbstractAlignedPhyloLikelihoodSet() : bpp::AbstractAlignedPhyloLikelihoodSet
• AbstractAutonomousSubstitutionProcess() : bpp::AbstractAutonomousSubstitutionProcess
• AbstractBiblioMixedTransitionModel() : bpp::AbstractBiblioMixedTransitionModel, bpp::MixedTransitionModelInterface
• AbstractBiblioSubstitutionModel() : bpp::AbstractBiblioSubstitutionModel
• AbstractBiblioTransitionModel() : bpp::AbstractBiblioTransitionModel
• AbstractCodonAAFitnessSubstitutionModel() : bpp::AbstractCodonAAFitnessSubstitutionModel
• AbstractCodonAARateSubstitutionModel() : bpp::AbstractCodonAARateSubstitutionModel
• AbstractCodonBGCSubstitutionModel() : bpp::AbstractCodonBGCSubstitutionModel
• AbstractCodonClusterAASubstitutionModel() : bpp::AbstractCodonClusterAASubstitutionModel
• AbstractCodonCpGSubstitutionModel() : bpp::AbstractCodonCpGSubstitutionModel
• AbstractCodonDistanceSubstitutionModel() : bpp::AbstractCodonDistanceSubstitutionModel
• AbstractCodonFitnessSubstitutionModel() : bpp::AbstractCodonFitnessSubstitutionModel
• AbstractCodonFrequenciesSubstitutionModel() : bpp::AbstractCodonFrequenciesSubstitutionModel
• AbstractCodonPhaseFrequenciesSubstitutionModel() : bpp::AbstractCodonPhaseFrequenciesSubstitutionModel
• AbstractCodonSubstitutionModel() : bpp::AbstractCodonSubstitutionModel
• AbstractDendrogramPlot() : bpp::AbstractDendrogramPlot
• AbstractDFPSubstitutionModel() : bpp::AbstractDFPSubstitutionModel
• AbstractDiscreteRatesAcrossSitesTreeLikelihood() : bpp::AbstractDiscreteRatesAcrossSitesTreeLikelihood
• AbstractFrequencySet() : bpp::AbstractFrequencySet
• AbstractFromSubstitutionModelTransitionModel() : bpp::AbstractFromSubstitutionModelTransitionModel, bpp::AbstractLkTransitionModel, bpp::TransitionModelInterface
• AbstractHomogeneousTreeLikelihood() : bpp::AbstractHomogeneousTreeLikelihood
• AbstractIMultiPhyloDAG() : bpp::AbstractIMultiPhyloDAG
• AbstractIMultiPhyloTree() : bpp::AbstractIMultiPhyloTree
• AbstractIMultiTree() : bpp::AbstractIMultiTree
• AbstractIPhyloDAG() : bpp::AbstractIPhyloDAG
• AbstractIPhyloTree() : bpp::AbstractIPhyloTree
• AbstractITree() : bpp::AbstractITree
• AbstractKroneckerCodonSubstitutionModel() : bpp::AbstractKroneckerCodonSubstitutionModel
• AbstractKroneckerWordSubstitutionModel() : bpp::AbstractKroneckerWordSubstitutionModel
• AbstractLkTransitionModel() : bpp::AbstractLkTransitionModel
• AbstractMapping() : bpp::AbstractMapping
• AbstractMixedTransitionModel() : bpp::AbstractMixedTransitionModel
• AbstractMutationProcess() : bpp::AbstractMutationProcess
• AbstractNonHomogeneousTreeLikelihood() : bpp::AbstractNonHomogeneousTreeLikelihood
• AbstractNucleotideSubstitutionModel() : bpp::AbstractNucleotideSubstitutionModel
• AbstractOMultiPhyloDAG() : bpp::AbstractOMultiPhyloDAG
• AbstractOMultiPhyloTree() : bpp::AbstractOMultiPhyloTree
• AbstractOMultiTree() : bpp::AbstractOMultiTree
• AbstractOPhyloDAG() : bpp::AbstractOPhyloDAG
• AbstractOPhyloTree() : bpp::AbstractOPhyloTree
• AbstractOTree() : bpp::AbstractOTree
• AbstractParametrizableSequencePhyloLikelihood() : bpp::AbstractParametrizableSequencePhyloLikelihood
• AbstractPhyloLikelihood() : bpp::AbstractPhyloLikelihood
• AbstractPhyloLikelihoodSet() : bpp::AbstractPhyloLikelihoodSet
• AbstractProteinSubstitutionModel() : bpp::AbstractProteinSubstitutionModel
• AbstractReversibleNucleotideSubstitutionModel() : bpp::AbstractReversibleNucleotideSubstitutionModel
• AbstractReversibleProteinSubstitutionModel() : bpp::AbstractReversibleProteinSubstitutionModel
• AbstractReversibleSubstitutionModel() : bpp::AbstractReversibleSubstitutionModel
• AbstractReward() : bpp::AbstractReward
• AbstractRewardMapping() : bpp::AbstractRewardMapping
• AbstractSequencePhyloLikelihood() : bpp::AbstractSequencePhyloLikelihood
• AbstractSingleDataPhyloLikelihood() : bpp::AbstractSingleDataPhyloLikelihood
• AbstractSinglePhyloSubstitutionMapping() : bpp::AbstractSinglePhyloSubstitutionMapping
• AbstractStateMap() : bpp::AbstractStateMap
• AbstractSubstitutionCount() : bpp::AbstractSubstitutionCount
• AbstractSubstitutionDistance() : bpp::AbstractSubstitutionDistance
• AbstractSubstitutionMapping() : bpp::AbstractSubstitutionMapping
• AbstractSubstitutionModel() : bpp::AbstractSubstitutionModel
• AbstractSubstitutionProcess() : bpp::AbstractSubstitutionProcess
• AbstractSubstitutionRegister() : bpp::AbstractSubstitutionRegister
• AbstractTotallyWrappedSubstitutionModel() : bpp::AbstractTotallyWrappedSubstitutionModel
• AbstractTotallyWrappedTransitionModel : bpp::AbstractLkTransitionModel, bpp::AbstractTotallyWrappedTransitionModel, bpp::TransitionModelInterface
• AbstractTransitionModel() : bpp::AbstractTransitionModel
• AbstractTreeDrawing() : bpp::AbstractTreeDrawing
• AbstractTreeLikelihood() : bpp::AbstractTreeLikelihood
• AbstractTreeLikelihoodData() : bpp::AbstractTreeLikelihoodData
• AbstractTreeParsimonyData() : bpp::AbstractTreeParsimonyData
• AbstractTreeParsimonyScore() : bpp::AbstractTreeParsimonyScore
• AbstractWeightedSubstitutionCount() : bpp::AbstractWeightedSubstitutionCount
• AbstractWordFrequencySet() : bpp::AbstractWordFrequencySet
• AbstractWordSubstitutionModel() : bpp::AbstractWordSubstitutionModel
• AbstractWrappedModel() : bpp::AbstractWrappedModel
• AbstractWrappedSubstitutionModel() : bpp::AbstractWrappedSubstitutionModel
• AbstractWrappedTransitionModel() : bpp::AbstractWrappedTransitionModel
• accessValueConst() : bpp::Value< T >
• accessValueMutable() : bpp::Value< T >
• accessVariableNode() : bpp::AbstractPhyloLikelihood
• addBipartition() : bpp::BipartitionList
• AddCost : Eigen::NumTraits< bpp::ExtendedFloat >
• addDistribution() : bpp::SubstitutionProcessCollection
• addEmptyHyperNode() : bpp::MixedSubstitutionModelSet
• addEvent() : bpp::MutationPath
• addFrequencies() : bpp::SubstitutionProcessCollection
• addHyperNode() : bpp::MixedSubstitutionModelSet
• addListener() : bpp::TreeDrawingDisplayControler
• addModel() : bpp::AbstractSinglePhyloSubstitutionMapping, bpp::NonHomogeneousSubstitutionProcess, bpp::SubstitutionModelSet, bpp::SubstitutionProcessCollection, bpp::SubstitutionProcessCollectionMember
• addModelPath() : bpp::ModelScenario
• addNode() : bpp::SiteSimulationResult
• addNsParameter() : bpp::AbstractCodonAAFitnessSubstitutionModel
• addOnePerBranchSubstitutionProcess() : bpp::SubstitutionProcessCollection
• addParametrizable() : bpp::SubstitutionProcessCollection
• addPhyloLikelihood() : bpp::AbstractAlignedPhyloLikelihoodSet, bpp::AbstractPhyloLikelihoodSet, bpp::PhyloLikelihoodContainer, bpp::PhyloLikelihoodSetInterface
• addRateParameter() : bpp::AbstractBiblioTransitionModel, bpp::AbstractFromSubstitutionModelTransitionModel, bpp::AbstractTransitionModel, bpp::BranchModelInterface, bpp::FromMixtureSubstitutionModel, bpp::G2001, bpp::InMixedSubstitutionModel, bpp::MultinomialFromTransitionModel, bpp::RegisterRatesSubstitutionModel, bpp::TransitionFromTransitionModel, bpp::TS98
• addRegister() : bpp::VectorOfSubstitutionRegisters
• addScenario() : bpp::SubstitutionProcessCollection
• addSon() : bpp::AwareNode, bpp::Node
• addSubstitutionProcess() : bpp::SubstitutionProcessCollection
• addSubstitutionProcessCollectionMember() : bpp::PhylogeneticsApplicationTools
• addSubTree() : bpp::Node, bpp::PhyloTree
• addToHyperNode() : bpp::MixedSubstitutionModelSet
• addToModel() : bpp::MixedSubstitutionModelSet::HyperNode, bpp::ModelPath
• addTopologyListener() : bpp::NNITopologySearch, bpp::TopologySearch
• addTree() : bpp::SubstitutionProcessCollection
• addTreeDrawingListener() : bpp::AbstractTreeDrawing, bpp::TreeDrawing
• addTrivialBipartitions() : bpp::BipartitionList
• addX() : bpp::Cursor
• addY() : bpp::Cursor
• afterDrawBranch() : bpp::BootstrapValuesTreeDrawingListener, bpp::BranchLengthsTreeDrawingListener, bpp::TreeDrawingListener, bpp::TreeDrawingListenerAdapter
• afterDrawNode() : bpp::LabelCollapsedNodesTreeDrawingListener, bpp::LabelInnerNodesTreeDrawingListener, bpp::LeafNamesTreeDrawingListener, bpp::NodesIdTreeDrawingListener, bpp::TreeDrawingListener, bpp::TreeDrawingListenerAdapter
• afterDrawTree() : bpp::TreeDrawingListener, bpp::TreeDrawingListenerAdapter
• AgglomerativeDistanceMethodInterface() : bpp::AgglomerativeDistanceMethodInterface
• algorithm_ : bpp::NNITopologySearch
• aliasParameters() : bpp::SubstitutionProcessCollection
• AlignedLikelihoodCalculation() : bpp::AlignedLikelihoodCalculation
• alignedLikelihoodCalculation() : bpp::AlignedPhyloLikelihoodAutoCorrelation, bpp::AlignedPhyloLikelihoodHmm, bpp::AlignedPhyloLikelihoodInterface, bpp::AlignedPhyloLikelihoodMixture, bpp::AlignedPhyloLikelihoodProduct, bpp::AutoCorrelationProcessPhyloLikelihood, bpp::HmmProcessPhyloLikelihood, bpp::MixtureProcessPhyloLikelihood, bpp::OnABranchPhyloLikelihood, bpp::OneProcessSequencePhyloLikelihood, bpp::PartitionProcessPhyloLikelihood, bpp::SingleProcessPhyloLikelihood
• alignedPhyloLikelihood() : bpp::AbstractAlignedPhyloLikelihoodSet, bpp::AlignedPhyloLikelihoodSetInterface, bpp::HmmPhyloAlphabet
• AlignedPhyloLikelihoodAutoCorrelation() : bpp::AlignedPhyloLikelihoodAutoCorrelation
• AlignedPhyloLikelihoodHmm() : bpp::AlignedPhyloLikelihoodHmm
• AlignedPhyloLikelihoodInterface() : bpp::AlignedPhyloLikelihoodInterface
• AlignedPhyloLikelihoodMixture() : bpp::AlignedPhyloLikelihoodMixture
• AlignedPhyloLikelihoodProduct() : bpp::AlignedPhyloLikelihoodProduct
• AlignedPhyloLikelihoodSet : bpp::AlignedPhyloLikelihoodInterface
• ALL : bpp::BppOFrequencySetFormat, bpp::BppOSubstitutionModelFormat
• allelicAlphabet() : bpp::POMO
• allowComments_ : bpp::ExtendedNewick, bpp::Newick
• allowConstant_ : bpp::BppORateDistributionFormat
• allowCovarions_ : bpp::BppOSubstitutionModelFormat
• allowed_product_without_normalization : bpp::ExtendedFloat
• allowGaps_ : bpp::BppOSubstitutionModelFormat
• allowMixed_ : bpp::BppOSubstitutionModelFormat
• allowSelf_ : bpp::NaiveSubstitutionCount
• allowWithin() : bpp::CategorySubstitutionRegister
• alpha_ : bpp::AbstractCodonDistanceSubstitutionModel, bpp::L95, bpp::RN95, bpp::RN95s, bpp::SitePatterns
• alphabet() : bpp::AbstractFrequencySet, bpp::AbstractStateMap, bpp::AbstractSubstitutionRegister, bpp::AbstractTransitionModel, bpp::AbstractWrappedModel, bpp::BranchModelInterface, bpp::FrequencySetInterface, bpp::GivenDataSubstitutionProcessSequenceSimulator, bpp::MarkovModulatedSubstitutionModel, bpp::MutationPath, bpp::NonHomogeneousSequenceSimulator, bpp::RegisterRatesSubstitutionModel, bpp::SequenceSimulatorInterface, bpp::SimpleSubstitutionProcessSequenceSimulator, bpp::SimpleSubstitutionProcessSiteSimulator, bpp::SiteSimulationResult, bpp::SiteSimulatorInterface, bpp::StateMapInterface, bpp::SubstitutionModelSet, bpp::SubstitutionProcessSequenceSimulator, bpp::SubstitutionRegisterInterface
• alphabet_ : bpp::AbstractFrequencySet, bpp::AbstractStateMap, bpp::AbstractTransitionModel, bpp::AbstractTreeLikelihoodData, bpp::AbstractTreeParsimonyScore, bpp::LegacyMarginalAncestralStateReconstruction, bpp::MarginalAncestralReconstruction, bpp::MutationPath, bpp::NonHomogeneousSequenceSimulator, bpp::SubstitutionModelSet
• alphabetCode_ : bpp::BppOFrequencySetFormat, bpp::BppOSubstitutionModelFormat
• alphabetIndex() : bpp::AbstractReward
• alphabetIndexHasChanged() : bpp::AbstractReward, bpp::DecompositionReward
• alphIndex_ : bpp::AbstractReward
• AncestralStateReconstruction() : bpp::AncestralStateReconstruction
• ancestralStates_ : bpp::SiteSimulationResult
• angle_ : bpp::Cursor
• annotation : bpp::IODAG::Element, bpp::IOTree::Element
• AnonymousSubstitutionModel() : bpp::AnonymousSubstitutionModel
• appendModel() : bpp::PairedSiteLikelihoods
• appendModels() : bpp::PairedSiteLikelihoods
• applyParameters() : bpp::AbstractHomogeneousTreeLikelihood, bpp::AbstractNonHomogeneousTreeLikelihood
• areAllCompatible() : bpp::BipartitionList
• areAllCompatibleWith() : bpp::BipartitionList
• areCompatible() : bpp::BipartitionList, bpp::BipartitionTools
• areIdentical() : bpp::BipartitionList, bpp::BipartitionTools
• Array : bpp::ExtendedFloatArrayWrapper< R, C >
• array1_ : bpp::BranchLikelihood
• array2_ : bpp::BranchLikelihood
• assign_ : bpp::AbstractCodonClusterAASubstitutionModel
• AutoCorrelationProcessPhyloLikelihood() : bpp::AutoCorrelationProcessPhyloLikelihood
• AutoCorrelationSequenceEvolution() : bpp::AutoCorrelationSequenceEvolution
• autoCorrTransMat_ : bpp::AutoCorrelationSequenceEvolution
• autonomous_ : bpp::TreeDrawingListenerAdapter
• AVERAGE : bpp::HierarchicalClustering
• AwareNode() : bpp::AwareNode