- c -

• c_ : bpp::BadCharException
• caseSensitive_ : bpp::LetterAlphabet
• charge_ : bpp::AAChargeIndex , bpp::KleinAANetChargeIndex
• charList_ : bpp::AbstractAlphabet
• chars_ : bpp::DefaultAlphabet
• charsByLine_ : bpp::Clustal , bpp::Fasta , bpp::Mase , bpp::NexusIOSequence , bpp::Pasta , bpp::Phylip
• checkNames_ : bpp::Clustal , bpp::Fasta , bpp::Mase , bpp::NexusIOSequence , bpp::Stockholm
• CLUSTAL_FORMAT : bpp::IoSequenceFactory
• codon_ : bpp::StopCodonException
• codonAlphabet_ : bpp::GeneticCode
• comments_ : bpp::SimpleCommentable
• container_ : bpp::EmptyContainerException
• content_ : bpp::AbstractTemplateSymbolList< T > , bpp::ProbabilisticSymbolList
• coordinate_ : bpp::AbstractCoreSite
• coordinates_ : bpp::TemplateAlignedSequenceContainer< SequenceType, SiteType >
• currentPosition_ : bpp::AbstractSequencePositionIterator , bpp::AbstractTemplateSiteContainerIterator< SiteType, SequenceType, HashType >