Fiches diverses

Les inclassables (provisoirement).

[ http://pbil.univ-lyon1.fr/R/html/tdr7.html Version : 28.07.25]

 Ref : FAS Taille : 1401 ko  Version : 28.07.25 (64 jours)

Forêts aléatoires sombres

En guise de cadeau pour le départ à la retraite de ma collègue Anne-Béatrice bsc{Dufour}, cette fiche propose d'explorer l'utilisation des forêts aléatoires sur un cas concret, la relation entre la composition des protéomes et la température optimale de croissance chez les bactéries, à des fins interprétatives ou prédictives.

 Ref : UsagersLigne32 Taille : 3620 ko  Version : 16.06.25 (106 jours)

Le graphique dit de Marey pour les horaires de la ligne TER 32 allant de Bourg-en-Bresse à Lyon en 2025

 Ref : tdr74 Taille : 1669 ko  Version : 17.10.20 (1808 jours)

Analyse multivariée de séquences génomiques

Le paquet seqinr pour le logiciel Rlogo{} est une bibliothèque de fonctions dédiée à l'importation et l'analyse des séquences génomiques. Il permet d'interfacer le logiciel Rlogo{} avec les banques de séquences structurées sous ACNUC cite{acnuc1984}. ACNUC est un système de stockage des banques de séquences (EMBL, GenBank, SwissProt, etc.) efficace pour extraire des sous-séquences d'intérêt biologique (des séquences codantes, des ARNt, etc). Grâce à un langage de requête assez simple, il est alors facile depuis Rlogo{}, de sélectionner des séquences puis d'utiliser toute la puissance et les fonctionnalités du langage Rlogo{} pour les analyser.

 Ref : tdr75 Taille : 1156 ko  Version : 20.09.21 (1471 jours)

Les paramètres graphiques

Exploration systématique des paramètres graphiques accessibles avec la fonction texttt{par()}. On parle ici des fonctions graphiques de base accessibles sans nécessiter l'installation du moindre paquet additionnel. D'aucuns diraient que c'est un peu l'équivalent de l'assembleur au temps des langages de programmation structurés. Ce n'est pas entièrement faux, à vous de voir si vous voulez savoir ce qui se passe sous le capot~!

 Ref : tdr83 Taille : 3013 ko  Version : 21.02.17 (3142 jours)

Les fonctions graphiques frquote{classiques} 2D du paquet ade4

Cette fiche explore les principales fonctions graphiques 2D du paquet ade4.

 Ref : knitr Taille : 3833 ko  Version : 08.10.21 (1452 jours)

Comment rédiger un rapport scientifique reproductible avec knitr, RMarkdown et plein d'autres amis

Cette fiche donne quelques indications pour rédiger un rapport reproductible intégrant automatiquement des analyses statistiques et des graphiques produits par Rlogo{

 Ref : tdr78 Taille : 816 ko  Version : 12.02.20 (2057 jours)

Comment rédiger un rapport avec la commande texttt{Sweave()} de Rlogo{}

Cette fiche donne quelques indications pour rédiger un rapport intégrant des analyses statistiques et des graphiques produits par Rlogo{

 Ref : tdr781 Taille : 505 ko  Version : 27.09.13 (4385 jours)

Écrire un rapport avec texttt{Sweave()

Ce tutoriel est une introduction à l'utilisation de Sweave pour générer des rapports intégrant des analyses statistiques et des graphiques produits par Rlogo{}. Elle utilise le logiciel RStudio, une interface graphique et multiplateforme pour le logiciel Rlogo.

 Ref : tdr7f Taille : 5384 ko  Version : 27.09.13 (4385 jours)

Cible de jeu de fléchettes

Le fiche donne le code pour représenter graphiquement une cible de jeu de fléchettes et pour mettre en évidence des événements particuliers.

 Ref : tdr71 Taille : 942 ko  Version : 27.09.13 (4385 jours)

Analyser des données trouvées sur Internet

Sur un exemple initié par Sophie GROSZ (INSA 4° année Filière BIM) dans son rapport d'analyse des données (2004), la fiche indique quelques unes des opérations fondamentales dans les exercices ouverts du type : Rédiger un rapport sur un jeu de données trouvé sur Internet en utilisant quelques unes des méthodes statistiques étudiées. L'exercice est difficile et demande de choisir un point de vue. On illustre plusieurs manières différentes d'aborder cette question.

 Ref : tdr76 Taille : 514 ko  Version : 27.09.13 (4385 jours)

Calcul symbolique

Comment calculer une dérivée, application aux fonctions de sensibilité

 Ref : tdr77 Taille : 1595 ko  Version : 23.02.17 (3140 jours)

Analyse de l'usage du code des génomes bactériens

TD donné en 2006 par Guy Perrière en quatrième année à l'INSA de Lyon, filière 4BIM, sur l'étude de l'usage des codons chez certaines bactéries

 Ref : tdr79 Taille : 11111 ko  Version : 27.02.17 (3136 jours)

Les exemples des fonctions graphiques de haut niveau

 Ref : tdr80 Taille : 297 ko  Version : 27.09.13 (4385 jours)

Quelques éléments d'algèbre pour l'analyse de données

L'algèbre matricielle est fondamentale dans la compréhension de la théorie liée à l'analyse exploratoire des données.

 Ref : tdr73 Taille : 1099 ko  Version : 27.09.13 (4385 jours)

Le rang de l'Université Claude Bernard Lyon 1 dans le monde (classement Shanghai 2004)

Importation des données, repérage des individus d'intérêt, nature, rôle et valeur des variables. Un exercice de lecture critique de l'information numérique à partir d'une analyse de la présidence de l'UCBL.