MADG (M1)

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Documents pour l'unité d'enseignement « Méthodes pour l'analyse de données génomiques ».

[ http://pbil.univ-lyon1.fr/R/html/tdr14.html Version : 24.07.17]



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 Ref : tdr601 Taille : 3040 ko  Version : 18.09.17 (0 jours)

Initiation à l'analyse en composantes principales

Une première approche très intuitive et interactive de l'ACP. Centrage et réduction des données.



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 Ref : tdr602 Taille : 3343 ko  Version : 18.09.17 (0 jours)

ACP d'un jeu de données très simple

On analyse les résultats de 104 étudiants dans 9 matières avec plusieurs analyses en composante principales pour montrer que les opérations de centrage et de réduction sont loin d'être innocentes.



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 Ref : tdr620 Taille : 431 ko  Version : 18.09.17 (0 jours)

Initiation à l'analyse factorielle des correspondances

Dans cette fiche, on étudie l'Analyse Factorielle des Correspondances. Cette technique statistique permet de réduire le nombre de variables, afin d'obtenir une représentation graphique des tableaux de contingence. Elle vise à y rassembler la quasi-totalité de l'information initiale, en s'attachant aux correspondances entre les caractères.


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 Ref : tdr74 Taille : 1647 ko  Version : 18.09.17 (0 jours)

Analyse multivariée de séquences génomiques

Le paquet seqinr pour le logiciel Rlogo{} est une bibliothèque de fonctions dédiée à l'importation et l'analyse des séquences génomiques. Il permet d'interfacer le logiciel Rlogo{} avec les banques de séquences structurées sous ACNUC cite{acnuc1984}. ACNUC est un système de stockage des banques de séquences (EMBL, GenBank, SwissProt, etc.) efficace pour extraire des sous-séquences d'intérêt biologique (des séquences codantes, des ARNt, etc). Grâce à un langage de requête assez simple, il est alors facile depuis Rlogo{}, de sélectionner des séquences puis d'utiliser toute la puissance et les fonctionnalités du langage Rlogo{} pour les analyser.


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