Questions-Réponses

Questions-Réponses

Cette section contient des fiches donnant des réponses à des questions posées principalement, mais non exclusivement, sur les listes de diffusion d'ade4 et de seqinR

[ http://pbil.univ-lyon1.fr/R/html/qr.html Version : 18.09.12]



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 Ref : qrs Taille : 215 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Comment soumettre un article généré avec Sweave

Quelques trucs et astuces notées lors de la soumission d'un article à Forensic Science International: Genetics



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 Ref : qrq Taille : 236 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Problème de convergence pour estimer una mezcla de dos distribuciones normales

Pour répondre à une question de Jorge Rabinovich



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 Ref : qro Taille : 1160 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

C'est quoi la correction de continuité de Yates ?

Quelques exercices de coloriage sous une courbe pour expliquer la correction de continuité de Yates. Où l'on démontre que Pierre-Simon Laplace est coupable de plagiat par anticipation.



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 Ref : qrm Taille : 122 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Comment identifier toutes les lois de probabilités définies dans Rlogo~?

Quelques exercices de manipulation de chaînes de caractères pour construire une table donnant toutes les lois de probabilités pré-définies.



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 Ref : qri Taille : 781 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Comment saisir une phylogénie au format Newick~?

Les phylogénies, compromis de connaissances sur les relations de parentés entre espèces d'un groupe donné, font maintenant partie des corpus de données écologiques. On fournit ici quelques indications pour saisir ce type d'information.


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 Ref : qrh Taille : 332 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Corrélations canoniques et taux d'inertie

Un message de Karine Jacquet demande d'expliciter pourquoi l'usage de l'analyse des correspondances en écologie n'est pas toujours simple. La fiche donne des éléments de réponse.


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 Ref : qrg Taille : 636 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Comment remplacer les labels par des icônes sur une carte factorielle ?

Un message de Kent Löfgren et une réponse de Basille Mathieu invite à placer des icônes à la place des étiquettes sur une carte factorielle. La fonction addlogo de Roger Bivand permet de le faire. Il faut régler quelques détails pour que ce soit opérationnel. La fiche détaille ces opérations et donne un exemple.



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 Ref : qrd Taille : 192 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Comment retrouver une analyse des correspondances intra-classes dans une analyse des correspondances internes ?

Gaël Didier s'étonne de ne pas retrouver dans une analyse des correspondances internes les résultats obtenus par une analyse des correspondances intra-classes qui est un cas particulier. La fiche explique pourquoi. Il fait les calculs dans ADE-4. En voulant les reproduire dans ade4, on met en évidence une erreur signalée et corrigée dans witwit.coa par Campo Elías PARDO.


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 Ref : qrc Taille : 233 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Comment comparer des fréquences très faibles~?

Pour un copain d'un ami, le souvenir d'une consultation pour V. Nigon sur les taux d'anomalies chromosomiques rares.


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 Ref : qrb Taille : 297 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Calcul de l'Outlier Mean Index

Suite à une question de Susanne Schmidt (Dresden), la fiche reprend des informations de base sur la méthode de couplage appelée niche.


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 Ref : qr9 Taille : 501 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Traits biologiques : variables ou K-tableaux ?

La fiche donne des indications sur la nature des tableaux de traits biologiques. A partir de plusieurs exemples, on montre qu'il est possible de choisir entre deux types de stratégies, la première visant à transformer un ensemble de traits en paquets de variables quantitatives, la seconde gardant au tableau de traits le statut de K-tableaux et cherchant à le décomposer en éléments plus simples. La présence sous-jacente de la taxonomie pose des questions ouvertes.


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 Ref : qr8 Taille : 615 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Comment projeter des individus ou des variables supplémentaires ?

La question de la projection des individus et des variables supplémentaires est souvent posée. On peut parler d'éléments supplémentaires au sens précis ou d'information supplémentaire au sens large.



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 Ref : qr7 Taille : 189 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Comment faire les analyses séparées dans une analyse des correspondances internes ?

L'analyse des correspondances internes porte sur un paquet de sous-tableaux. Marie Sémon demande une représentation des analyses séparées qui semble légitime.


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 Ref : qr6 Taille : 522 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Comment obtenir les représentations unidimensionnelles dans une analyse RLQ ?

Les fonction sco.quant, sco.boxplot, et sco.distri permettent de visualiser la relation entre un score numérique et un paquet de variables, respectivement quantitatives, qualitatives ou distributionnelles. La fonction table.cont permet d'illustrer le lien entre deux scores par une distribution bivariée. On illustre ces fonctions dans les illustrations de la méthode RLQ pour répondre à la question de Andres Mellado Diaz. Les données de I. Ribera et al. 2001. Effect of land disturbance and stress on species traits of ground beetle assemblages. Ecology 82:1112-1129 sont utilisées à partir des archives de l'ESA.


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 Ref : qr5 Taille : 481 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Comment obtenir les sorties complètes de STATICO ?

Charline Laurent pose plusieurs questions sur la pratique de STATICO dans le paquet ade4. Elles mettent en évidence des insuffisances dans les fonctions ktab.match2ktabs et pta. Ces fonctions sont modifiées et les versions provisoires téléchargeables. On ajoute un jeu de données pour tester le couplage AFC-ACP de la méthode.


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 Ref : qr4 Taille : 504 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Peut-on interpréter un seul facteur ?

Il arrive souvent qu'une analyse multivariée conduise à l'interprétation d'un seul facteur. La fiche regroupe la description des outils graphiques qui sont utiles dans cette circonstance. Il n'y a aucune raison d'utiliser un plan factoriel pour exprimer un deuxième axe qui n'a aucune fonction. La fiche indique des outils d'expression d'un premier facteur dominant en ACP, AFC ou ACM.


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 Ref : qr3 Taille : 287 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Que signifie la taille des ellipses dans ade4 ?

La question est souvent posée. Elle est revenue dans un message de Ken Rutledge qui avait demandé la figuration des groupes de points dans la représentation triangulaire. On donne la définition des ellipses d'inertie et quelques illustrations.


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 Ref : qr2 Taille : 272 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Peut-on modifier la fonction coinertia pour utiliser des très grands nombres de variables ?

La question avait été posée par des utilisateurs de l'analyse de co-inertie en biologie moléculaire. La fonction \texttt{coinertia} a été modifiée depuis pour prendre en compte des couples de tableaux où le nombre de colonnes est beaucoup plus grand que le nombre de lignes de chaque côté. Cette fiche illustre comment un logiciel libre tel que le paquet ade4 est rapidement modifié pour rendre service à ses utilisateurs.



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 Ref : qr1 Taille : 582 ko  Version : 27.09.13 (304 jours)

Que faire avec un tableau croisant individus et sites microsatellites ?

La question est posée par Hadrien Vanthomme à propos de chats et du problème de l'hybridation entre Felis silvestris (chat sauvage) et Felis catus (chat domestique). On regroupe ici des réflexions induites par cette consultation.

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