Évolution moléculaire - BioInformatique

Évolution moléculaire - BioInformatique

Cette section regroupe les cours et cours-TD intégrés relatifs à bio-informatique au sens de l'étude de l'évolution au niveau moléculaire ainsi que des documents pouvant avoir un intérêt dans ce domaine.

[ http://pbil.univ-lyon1.fr/R/html/evomol.html Version : 18.09.12]



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 Ref : bgs Taille : 10193 ko  Version : 27.09.13 (206 jours)

Bacterial genome structures

Introduction: what bacteria means here. Genome size variability between and within species. Chromosome topology and chromosome numbers; difference between plasmids and chromosomes. The G+C content variability and its impact at phenotypic level. Replichores. Gene orientation biases. Chirochores; PR1 hypothesis and PR2 state. An X-rated structure. Some exercices are included



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 Ref : bgsc Taille : 198 ko  Version : 27.09.13 (206 jours)

Strucures des génomes bactériens

Correction partielle des exercices proposés dans le cours \textit{Bacterial genome structures}



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 Ref : tdr16 Taille : 310 ko  Version : 27.09.13 (206 jours)

Manipuler des données volumineuses : les génomes bactériens

Pour tester l'aptitude de R à manipuler de grands ensembles de données, la fiche propose d'implanter un tableau séquences - codons de taille respectable.



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 Ref : tdr222 Taille : 378 ko  Version : 27.09.13 (206 jours)

Mélange de lois normales et tailles de génomes bactériens

Étude de la taille de 279 génomes de bactéries exprimée en kilobases (données de 2002). Mise à jour avec des données plus récentes à partir de GOLD (Genomes Online Database).



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 Ref : tdr223 Taille : 266 ko  Version : 27.09.13 (206 jours)

Mélanges et point isoélectrique des protéines

Étude de la distribution du point isolélectrique dans un protéome. Une simulation pour invalider une interprétation trop jolie pour être vraie. D'après un article de G.F. Weiller, G. Caraux et N. Sylvester (2004) Proteomics, 4:943-949.



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 Ref : tdr623 Taille : 411 ko  Version : 27.09.13 (206 jours)

Pratique de l'AFC inter-intra sur données génomique

Analyse de la variabilité de l'usage du code du point de vue synonyme et non synonyme pour 739 génomes bactériens. Les AFC inter et intra permettent de décomposer une problématique en sous problématiques plus faciles à interpréter.



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 Ref : tdr624 Taille : 829 ko  Version : 27.09.13 (206 jours)

Pratique de l'AFC discriminante sur données protéomiques et génomiques

L'analyse factorielle des correspondances discriminante permet d'augmenter le pouvoir de résolution pour discriminer entre des groupes d'individus. On voit ici deux applications, une au niveau protéique et une au niveau nucléique.



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 Ref : tdr641 Taille : 563 ko  Version : 27.09.13 (206 jours)

Analyse de co-inertie sur données simulées et sur données protéomiques

Pratique de l'analyse de co-inertie sur un jeu de données simulées et sur un vrai jeu de données concernant la composition du protéome de Escherichia coli et les propriétés physico-chimiques des 20 acides aminés.



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 Ref : tdr77 Taille : 1453 ko  Version : 27.09.13 (206 jours)

Analyse de l'usage du code des génomes bactériens

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