Biologie et Modélisation

Biologie et Modélisation

Une initiation en licence. Deux champs complémentaires sont abordés : l'analyse statistique de données écologiques et la modélisation mathématique. Les deux champs intègrent les enseignements de statistique et de modélisation par l'utilisation du logiciel R. L'analyse statistique des données porte sur les statistiques descriptives et les représentations graphiques. Les tests d'hypothèses sont abordés par des méthodes de simulation. La modélisation est une introduction à l'étude de systèmes dynamiques en temps discret et continu illustrés avec des exemples principalement tirés de la biologie des populations. Vous trouverez ici les fiches de TD, voir aussi les les cours et les annales.

[ http://pbil.univ-lyon1.fr/R/html/tdr10.html Version : 27.09.12]



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 Ref : bem1 Taille : 359 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Biologie et Modélisation - Introduction au logiciel Rlogo{}

La fiche donne des indications pratiques très simples pour accéder au logiciel de statistique Rlogo{}.



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 Ref : bem2 Taille : 1045 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Des fleurs et des mannequins

Comment se familiariser avec le logiciel Rlogo{}



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 Ref : bem3 Taille : 1090 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

De la stature chez l'Hommeldots à la taille des cerveaux chez les mammifères. Réversion, Régression, Corrélation

Un peu d'histoireldots La corrélation. Qu'est-ce que c'est ? Comment ça se calcule ? A quoi ça sert ? Quelques exemples et exercices. Corrélation et causalité.



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 Ref : bem4 Taille : 293 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

L'énigme de la valeur C

Quelques exercices de manipulation et de représentation graphique des données. La valeur C représente la taille du génome. Elle est mesurée le plus souvent en pico-grammes (pg), ou encore en nombre de paires de bases nucléotidiques. On pourrait lui supposer un lien a priori avec la complexité morphologique des organismes. Cette fiche propose de voir ce qu'il en est exactement.



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 Ref : bem5 Taille : 1652 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Des électeurs, des boules, des cercles, des étudiants satisfaits

Le calcul des probabilités parle de l'échantillon à partir de la population. La statistique inférentielle parle de la population à partir d'un échantillon. Quelques illustrations.



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 Ref : bem6 Taille : 262 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Analyse des systèmes dynamiques : Modèles continus

Systèmes dynamiques dans $mathbb{R}$, introduction à maple pour l'analyse qualitative, utilisation de Rlogo{} pour l'étude des solutions et l'ajustement à des jeux de données



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 Ref : bem7 Taille : 3418 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Analyse des systèmes dynamiques : modèles discrets

Systèmes dynamiques discrets dans $mathbb{R}$, utilisation de Rlogo{} et de maple.



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 Ref : bem8 Taille : 339 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Simulation de la dynamique d'une population - Modèles récurrents

La suite de Fibonacci. Le modèle exponentiel. Le modèle logistique. Un modèle avec deux classes d'âge. Un modèle avec deux catégories de population. Un modèle avec deux populations en interaction.



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 Ref : bem9 Taille : 319 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Sélection et Dérive Génétique

Simulation de l'évolution des fréquences allèliques d'un locus sous l'effet de la dérive génétique et de la sélection.



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 Ref : bem10 Taille : 319 ko  Version : 27.09.13 (368 jours)

Modèles discrets - Populations structurées

Les matrices de Leslie. Un modèle avec deux classes d'âge. Un modèle avec deux catégories de population. Un modèle matriciel complexe.